]>
Commit | Line | Data |
---|---|---|
5679dfd0 DL |
1 | #!/usr/bin/env python3 |
2 | # -*- coding: utf-8 -*- | |
d03279e7 | 3 | from configuration import CONFIG |
5679dfd0 DL |
4 | from gestionOMS import * |
5 | from gestion_unites import * | |
b5ac625b | 6 | from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python |
685a5f75 | 7 | from numpy import arange |
fd69b6b5 | 8 | |
5679dfd0 DL |
9 | import matplotlib.pyplot as plt |
10 | ||
d03279e7 DL |
11 | # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe |
12 | ||
13 | ||
8b5845ff | 14 | def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): |
248d9504 | 15 | debug("debut de cree_figure",liste_err) |
fd69b6b5 | 16 | try: |
d03279e7 | 17 | liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) |
fd69b6b5 DL |
18 | except: |
19 | erreur("bug avec liste data labels",liste_err) | |
20 | return "" | |
21 | ||
8b5845ff | 22 | # maxi saisi par l'utilisateur ? |
fd69b6b5 | 23 | if conf["maxi"] ==0: |
8b5845ff DL |
24 | # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? |
25 | print(conf) | |
26 | print(conf["non_sauve"]) | |
27 | if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: | |
8b5845ff | 28 | jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) |
5679dfd0 | 29 | else: |
8b5845ff | 30 | jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1 |
5679dfd0 DL |
31 | else: |
32 | jour_maxi = conf["maxi"]+1 | |
248d9504 DL |
33 | |
34 | ||
9e4c51c7 | 35 | # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes |
9e4c51c7 | 36 | jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) |
248d9504 | 37 | debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err) |
5679dfd0 | 38 | |
8b5845ff DL |
39 | # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur |
40 | if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": | |
41 | unite = choix_unite(jour_maxi) | |
42 | debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) | |
43 | elif conf["unite"] != "": | |
44 | unite = conf["unite"] | |
45 | else: | |
46 | unite = conf["non_sauve"]["unite"] | |
47 | ||
b5ac625b DL |
48 | #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err) |
49 | prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) | |
50 | ## Gestion des prémas, deux cas : | |
51 | # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma | |
52 | # à toutes les données. | |
53 | # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. | |
54 | ||
c2fe511b | 55 | debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) |
b5ac625b DL |
56 | |
57 | if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": | |
58 | l_jours = [j-prema for j in l_jours] | |
59 | jour_maxi = jour_maxi - prema | |
60 | # debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err) | |
c2fe511b | 61 | |
8b5845ff | 62 | l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) |
5679dfd0 | 63 | # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... |
8b5845ff | 64 | age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) |
5679dfd0 | 65 | |
b5ac625b | 66 | debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) |
fd69b6b5 | 67 | |
8b5845ff | 68 | titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" |
5679dfd0 DL |
69 | |
70 | if conf["typecourbe"] == "P": | |
71 | # percentiles | |
72 | liste_data_labels = liste_data_labels_p | |
73 | if conf["sexe"] == "M": | |
8b5845ff | 74 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon |
5679dfd0 | 75 | titre += " (percentiles, garçon)" |
a46e1269 | 76 | elif conf["sexe"] == "F": |
8b5845ff | 77 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"] |
5679dfd0 | 78 | titre += " (percentiles, fille)" |
a46e1269 | 79 | else: |
8b5845ff | 80 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"] |
a46e1269 | 81 | titre += " (percentiles)" |
5679dfd0 DL |
82 | elif conf["typecourbe"] == "Z": |
83 | liste_data_labels = liste_data_labels_z | |
d03279e7 | 84 | if conf["sexe"] == "M": |
8b5845ff | 85 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"] |
5679dfd0 | 86 | titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)" |
a46e1269 | 87 | elif conf["sexe"] == "F": |
8b5845ff | 88 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"] |
5679dfd0 | 89 | titre += " (moyenne et écarts-types, fille)" |
a46e1269 | 90 | else: |
8b5845ff | 91 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"] |
a46e1269 | 92 | titre += " (moyenne et écarts-types)" |
fd69b6b5 | 93 | else: |
248d9504 DL |
94 | erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err) |
95 | return "" | |
248d9504 | 96 | |
5679dfd0 DL |
97 | # Si y'a un nom on met "courbe de machin" |
98 | if conf["nom"] !="": | |
99 | titre += " de " +conf["nom"] | |
b5ac625b DL |
100 | |
101 | ||
102 | if prema>0: | |
103 | titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] | |
104 | if conf["agecorrige"] == "oui": | |
105 | titre+=" (courbe en âge corrigé)" | |
106 | else: | |
107 | titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" | |
108 | ||
109 | debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) | |
110 | debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) | |
111 | ||
5679dfd0 DL |
112 | |
113 | ||
114 | # convertir les unités | |
c2fe511b | 115 | #### Partie code OMS |
5679dfd0 | 116 | #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues |
a46e1269 DL |
117 | try: |
118 | t = lire_fichier_csv(fichier_oms) | |
119 | except: | |
120 | liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms) | |
248d9504 | 121 | return "" |
5679dfd0 | 122 | |
248d9504 | 123 | debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err) |
b5ac625b DL |
124 | try: |
125 | coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) | |
126 | if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": | |
127 | coljour = [j + prema for j in coljour] | |
128 | coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) | |
248d9504 DL |
129 | except: |
130 | erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) | |
131 | return "" | |
132 | ||
133 | debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) | |
b5ac625b DL |
134 | #### La figure, params |
135 | ||
915e90bb DL |
136 | fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"]) |
137 | plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"] | |
138 | plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
139 | plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
140 | plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
141 | plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"] | |
142 | plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] | |
685a5f75 | 143 | ax = plt.axes() |
fd69b6b5 | 144 | |
c2fe511b | 145 | #Tracé des courbes OMS |
5679dfd0 | 146 | for (i,label,couleur) in liste_data_labels: |
685a5f75 | 147 | ax.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) |
fd69b6b5 DL |
148 | #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err) |
149 | ||
248d9504 | 150 | debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) |
5679dfd0 | 151 | |
c2fe511b DL |
152 | |
153 | ##### Tracé des courbes OMS fini | |
154 | ||
5679dfd0 | 155 | # On extrait la valeur min et la valeur max des poids |
fd69b6b5 DL |
156 | (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] |
157 | (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] | |
5679dfd0 | 158 | |
d03279e7 DL |
159 | debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err) |
160 | ||
5679dfd0 DL |
161 | poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) |
162 | poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) | |
163 | if l_jours != []: | |
164 | poids_min = min(min(l_poids),poids_min) | |
165 | poids_max = max(max(l_poids),poids_max) | |
166 | # On ajuste un peu ces min et max | |
167 | # min : valeur min -1kg | |
168 | poids_min = max(0,poids_min-1) | |
169 | #max : +5% | |
170 | poids_max = poids_max * 1.05 | |
685a5f75 | 171 | |
5679dfd0 | 172 | |
248d9504 | 173 | debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err) |
b5ac625b | 174 | |
b5ac625b | 175 | ### Tracé pour de bon |
5679dfd0 | 176 | if l_jours != []: |
685a5f75 | 177 | ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') |
b5ac625b | 178 | debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) |
c2fe511b DL |
179 | |
180 | #### extrapolatios éventuelles | |
181 | #print("prolongercourbes" in conf) | |
182 | if conf["prolongercourbes"] == "oui": | |
183 | #print("coucou") | |
184 | # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire | |
185 | date_fin = int(l_jours[-1]) | |
186 | dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi)) | |
187 | donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err) | |
188 | #print("données extrapolées !") | |
189 | dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) | |
190 | ||
191 | # tracé des données extrapolées | |
192 | plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) | |
193 | ||
194 | else: | |
195 | debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) | |
196 | ||
685a5f75 DL |
197 | debug("Début de la gestion de l'échelle", liste_err) |
198 | ### échelle à régler | |
199 | ||
200 | if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui": | |
201 | ||
202 | pas=choix_echelle_data(typedonnee, poids_max) | |
203 | # data_min_arrondie | |
204 | minechelle = int(poids_min/pas[0])*pas[0] | |
205 | ||
206 | debug("pas choisis pour l'échelle en y : "+str(pas), liste_err) | |
207 | echellemajeure = arange(minechelle, poids_max, pas[0]) | |
208 | ||
209 | if pas[1] >0: | |
210 | echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1]) | |
211 | else: | |
212 | echellemineure = [] | |
213 | ||
214 | ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False) | |
215 | ax.set_yticks(echellemineure, minor=True) | |
216 | ||
217 | # échelle en temps | |
218 | pas=choix_echelle_temps(unite, age_maxi) | |
219 | debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err) | |
220 | ||
221 | echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0]) | |
222 | if pas[1] >0: | |
223 | echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1]) | |
224 | else: | |
225 | echellemineure = [] | |
226 | ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False) | |
227 | ax.set_xticks(echellemineure, minor=True) | |
228 | ||
229 | ||
230 | #### Aspect du graphique | |
231 | ||
232 | debug("On commende la déco du graphique", liste_err) | |
233 | ||
234 | # La grille | |
235 | ax.grid(conf["grille"]=="oui") | |
236 | ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--") | |
237 | ||
238 | ||
8b5845ff DL |
239 | plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) |
240 | plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) | |
c2fe511b | 241 | #print("bla") |
915e90bb | 242 | plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) |
c2fe511b DL |
243 | #print("ble") |
244 | if l_jours_conv == []: | |
245 | plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max]) | |
246 | else: | |
247 | plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max]) | |
248 | #print("bli") | |
249 | ||
5679dfd0 DL |
250 | |
251 | if conf['legende']=="oui": | |
fd69b6b5 | 252 | legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende']) |
915e90bb | 253 | plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) |
685a5f75 | 254 | |
5679dfd0 DL |
255 | |
256 | fig.tight_layout() | |
fd69b6b5 | 257 | |
c2fe511b DL |
258 | debug("Fin de cree_figure", liste_err) |
259 | return fig | |
260 | ||
261 | ||
262 | ||
685a5f75 DL |
263 | |
264 | ### Pour extrapoler la courbe | |
265 | ||
c2fe511b DL |
266 | def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err): |
267 | """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours) | |
268 | et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate | |
269 | (tableaux de jours) | |
270 | typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z | |
271 | à l'indice 1 | |
272 | On renvoie [] si pas pu extrapoler. """ | |
273 | ||
274 | # la ligne OMS | |
275 | ligneoms = tableauOMS[date] | |
276 | debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err) | |
277 | ||
278 | ||
279 | # On cherche dans quel intervalle on se situe | |
280 | if typecourbe == "P": | |
281 | idep=4 | |
282 | else: | |
283 | idep = 1 | |
284 | i = idep | |
285 | while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee: | |
286 | i+=1 | |
287 | debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err) | |
288 | if i>=len(ligneoms): | |
289 | warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err) | |
290 | return [] | |
291 | if i==idep: | |
292 | warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err) | |
293 | return [] | |
294 | ||
295 | # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i] | |
296 | # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee | |
297 | #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1]) | |
298 | coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i]) | |
299 | #print("coeff : "+str(coeff)) | |
300 | ||
301 | # extrapolations | |
302 | nouvdonnees = [] | |
303 | for j in nouvdates: | |
304 | ligne2 = tableauOMS[j] | |
305 | nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i]) | |
306 | ||
307 | return nouvdonnees |