Possibilité de prolonger la courbe
[perso/Denise/oms.git] / trace_courbe.py
CommitLineData
5679dfd0
DL
1#!/usr/bin/env python3
2# -*- coding: utf-8 -*-
d03279e7 3from configuration import CONFIG
5679dfd0
DL
4from gestionOMS import *
5from gestion_unites import *
b5ac625b 6from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python
fd69b6b5 7
5679dfd0
DL
8import matplotlib.pyplot as plt
9
d03279e7
DL
10# Essentiellement, la fonction qui trace la courbe
11
12
8b5845ff 13def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err):
248d9504 14 debug("debut de cree_figure",liste_err)
fd69b6b5 15 try:
d03279e7 16 liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
fd69b6b5
DL
17 except:
18 erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
19 return ""
20
8b5845ff 21 # maxi saisi par l'utilisateur ?
fd69b6b5 22 if conf["maxi"] ==0:
8b5845ff
DL
23 # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
24 print(conf)
25 print(conf["non_sauve"])
26 if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
8b5845ff 27 jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
5679dfd0 28 else:
8b5845ff 29 jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1
5679dfd0
DL
30 else:
31 jour_maxi = conf["maxi"]+1
248d9504
DL
32
33
9e4c51c7 34 # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
9e4c51c7 35 jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
248d9504 36 debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err)
5679dfd0 37
8b5845ff
DL
38 # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
39 if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
40 unite = choix_unite(jour_maxi)
41 debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
42 elif conf["unite"] != "":
43 unite = conf["unite"]
44 else:
45 unite = conf["non_sauve"]["unite"]
46
b5ac625b
DL
47 #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err)
48 prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
49 ## Gestion des prémas, deux cas :
50 # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
51 # à toutes les données.
52 # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
53
c2fe511b 54 debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
b5ac625b
DL
55
56 if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
57 l_jours = [j-prema for j in l_jours]
58 jour_maxi = jour_maxi - prema
59# debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err)
c2fe511b 60
8b5845ff 61 l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
5679dfd0 62 # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
8b5845ff 63 age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
5679dfd0 64
b5ac625b 65 debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
fd69b6b5 66
8b5845ff 67 titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
5679dfd0
DL
68
69 if conf["typecourbe"] == "P":
70 # percentiles
71 liste_data_labels = liste_data_labels_p
72 if conf["sexe"] == "M":
8b5845ff 73 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
5679dfd0 74 titre += " (percentiles, garçon)"
a46e1269 75 elif conf["sexe"] == "F":
8b5845ff 76 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"]
5679dfd0 77 titre += " (percentiles, fille)"
a46e1269 78 else:
8b5845ff 79 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"]
a46e1269 80 titre += " (percentiles)"
5679dfd0
DL
81 elif conf["typecourbe"] == "Z":
82 liste_data_labels = liste_data_labels_z
d03279e7 83 if conf["sexe"] == "M":
8b5845ff 84 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"]
5679dfd0 85 titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)"
a46e1269 86 elif conf["sexe"] == "F":
8b5845ff 87 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"]
5679dfd0 88 titre += " (moyenne et écarts-types, fille)"
a46e1269 89 else:
8b5845ff 90 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"]
a46e1269 91 titre += " (moyenne et écarts-types)"
fd69b6b5 92 else:
248d9504
DL
93 erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
94 return ""
248d9504 95
5679dfd0
DL
96 # Si y'a un nom on met "courbe de machin"
97 if conf["nom"] !="":
98 titre += " de " +conf["nom"]
b5ac625b
DL
99
100
101 if prema>0:
102 titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
103 if conf["agecorrige"] == "oui":
104 titre+=" (courbe en âge corrigé)"
105 else:
106 titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
107
108 debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
109 debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
110
5679dfd0
DL
111
112
113 # convertir les unités
c2fe511b 114 #### Partie code OMS
5679dfd0 115 #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
a46e1269
DL
116 try:
117 t = lire_fichier_csv(fichier_oms)
118 except:
119 liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms)
248d9504 120 return ""
5679dfd0 121
248d9504 122 debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err)
b5ac625b
DL
123 try:
124 coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
125 if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
126 coljour = [j + prema for j in coljour]
127 coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
248d9504
DL
128 except:
129 erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
130 return ""
131
132 debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
b5ac625b
DL
133 #### La figure, params
134
915e90bb
DL
135 fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"])
136 plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"]
137 plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"]
138 plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
139 plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
140 plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"]
141 plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
fd69b6b5 142
c2fe511b 143 #Tracé des courbes OMS
5679dfd0
DL
144 for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
145 plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
fd69b6b5
DL
146 #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err)
147
248d9504 148 debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
5679dfd0 149
c2fe511b
DL
150
151 ##### Tracé des courbes OMS fini
152
5679dfd0 153 # On extrait la valeur min et la valeur max des poids
fd69b6b5
DL
154 (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
155 (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
5679dfd0 156
d03279e7
DL
157 debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err)
158
5679dfd0
DL
159 poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
160 poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
161 if l_jours != []:
162 poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
163 poids_max = max(max(l_poids),poids_max)
164 # On ajuste un peu ces min et max
165 # min : valeur min -1kg
166 poids_min = max(0,poids_min-1)
167 #max : +5%
168 poids_max = poids_max * 1.05
c2fe511b 169
5679dfd0 170
248d9504 171 debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err)
b5ac625b 172
b5ac625b 173 ### Tracé pour de bon
5679dfd0 174 if l_jours != []:
248d9504 175 plt.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
b5ac625b 176 debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err)
c2fe511b
DL
177
178 #### extrapolatios éventuelles
179 #print("prolongercourbes" in conf)
180 if conf["prolongercourbes"] == "oui":
181 #print("coucou")
182 # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire
183 date_fin = int(l_jours[-1])
184 dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi))
185 donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err)
186 #print("données extrapolées !")
187 dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
188
189 # tracé des données extrapolées
190 plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
191
192 else:
193 debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
194
8b5845ff
DL
195 plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
196 plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
c2fe511b 197 #print("bla")
915e90bb 198 plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
c2fe511b
DL
199 #print("ble")
200 if l_jours_conv == []:
201 plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max])
202 else:
203 plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max])
204 #print("bli")
205
5679dfd0
DL
206
207 if conf['legende']=="oui":
fd69b6b5 208 legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende'])
915e90bb 209 plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
5679dfd0
DL
210 plt.grid(conf["grille"]=="oui")
211
212 fig.tight_layout()
fd69b6b5 213
c2fe511b
DL
214 debug("Fin de cree_figure", liste_err)
215 return fig
216
217
218
219def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err):
220 """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours)
221 et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate
222 (tableaux de jours)
223 typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
224 à l'indice 1
225 On renvoie [] si pas pu extrapoler. """
226
227 # la ligne OMS
228 ligneoms = tableauOMS[date]
229 debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err)
230
231
232 # On cherche dans quel intervalle on se situe
233 if typecourbe == "P":
234 idep=4
235 else:
236 idep = 1
237 i = idep
238 while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee:
239 i+=1
240 debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
241 if i>=len(ligneoms):
242 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err)
243 return []
244 if i==idep:
245 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err)
246 return []
247
248 # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i]
249 # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee
250 #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1])
251 coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i])
252 #print("coeff : "+str(coeff))
253
254 # extrapolations
255 nouvdonnees = []
256 for j in nouvdates:
257 ligne2 = tableauOMS[j]
258 nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i])
259
260 return nouvdonnees