X-Git-Url: https://git.immae.eu/?p=perso%2FDenise%2Foms.git;a=blobdiff_plain;f=trace_courbe.py;h=ed5f980b584e26e47b20c9f491bfeb6961ef5183;hp=c3e16919477f4a1d39a87f47863f293a57443567;hb=7b1f383214c0a3e351bf0f369b0d1737e37980d1;hpb=a680b2f78891692be215013481e167da2fffb5d8 diff --git a/trace_courbe.py b/trace_courbe.py index c3e1691..ed5f980 100644 --- a/trace_courbe.py +++ b/trace_courbe.py @@ -3,22 +3,33 @@ from configuration import CONFIG import gestionOMS as oms import gestion_unites as u -from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python +from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python, simplifie_nom from gestion_erreurs import debug, erreur, warning +from calculs_extrapole import calcule_donnee_extrapolee, calcule_age_extrapole, interpole_lineaire, interpole_lineaire_ordonnee, formate_resultat_donnee, formate_resultat_age, formate_interpole, formate_extrapole +import datetime + from numpy import arange + import matplotlib.pyplot as plt -# Essentiellement, la fonction qui trace la courbe +# Essentiellement, la fonction qui trace la courbe, mais on y trouve également les fonctions d'extrapolation. +# Ainsi que les calculs additionnels. -def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): +def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_extracalculs, liste_err, enfants_add = []): """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données (donc pas forcément du poids) typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"] liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs)) - Renvoie la figure tracée""" - debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err) + Renvoie la figure tracée, et les calculs additionnels sont mis sous forme de chaîne dans la liste + liste_extracalculs + + Les enfants en plus sont dans la liste enfants_add. Pour chaque item de la liste, il faut prendre + item[typed] pour avoir accès au nom, ljours, et ldonnees + + """ + debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf)+". Nombre d'enfants additionnels : "+str(len(enfants_add)),liste_err) try: liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) except: @@ -36,6 +47,10 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): else: jour_maxi = conf["maxi"]+1 + # Si on cherche à extrapoler au-delà + if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee and conf["non_sauve"]["calculextradata_age"]>jour_maxi: + jour_maxi = int(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"]) +1 + # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err) @@ -59,7 +74,8 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": l_jours = [j-prema for j in l_jours] - jour_maxi = jour_maxi - prema + jour_maxi = max(jour_maxi - prema, 2) + ## Si le jour maxi est <0 on met minimum 1 jour quand même ! ###################### Conversion des unités ###########################"" @@ -98,16 +114,7 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err) return "" - # Si y'a un nom on met "courbe de machin" - if conf["nom"] !="": - titre += " de " +conf["nom"] - - if prema>0: - titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] - if conf["agecorrige"] == "oui": - titre+=" (courbe en âge corrigé)" - else: - titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" + ## On finira le titre plus tard quand on aura su qui est concerné #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) @@ -152,23 +159,157 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): ### Tracé pour de bon if l_jours != []: - ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') + print(conf["symbole"]) + ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["courbeenfant"],marker=conf["symbole"]) debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) + + + listenoms = [] + if conf["nom"] != "": # Ajouter le nom de l'enfant + listenoms.append(conf["nom"]) + +# if enfants_add != []: +# debug("Il y a des enfants en plus à tracer. Données : "+str(enfants_add), liste_err) + for enfant in enfants_add: # Enfants additionnels éventuels + conf_add, lj, ld = enfant[typedonnee] # On récuère les données + if lj != []: # pas la peine de tracer si y'a rien à tracer + # Ajouter le nom de cet enfant-là + listenoms.append(conf_add["nom"]) + # Le mot "courbe" doit être au pluriel du coup ! + titre = titre.replace("Courbe ", "Courbes ") + lj_conv = u.convertit_tableau(lj,unite,liste_err) + debug("Tracé de la courbe additionnelle de "+conf_add["nom"]+" config : "+str(conf_add), liste_err) + ax.plot(lj_conv, ld, label=conf_add["nom"], color=conf_add["couleurcourbe"],marker=conf_add["symbole"]) + + if conf["sexe"] != conf_add["sexe"]: + warning("Attention, tous les enfants n'ont pas le même sexe. La courbe de référence est celle de "+conf["nom"]+" et ne sera pas forcément pertinente pour les autres. Vous pouvez éventuellement essayer la courbe neutre. Remarque : cette alerte s'affichera quand même.", liste_err) + + + # Si y'a un nom on met "courbe de machin, de bidule, d'alala, de truc" + for i in range(len(listenoms)): + # Mot de liaison : , ou et ? + if i>0 and i!=len(listenoms)-1: + titre += ", " + elif i>0 and i == len(listenoms) -1: + titre+= " et " + else: + titre += " " + # Est-ce que la première lettre est une voyelle ? + lettre = simplifie_nom(listenoms[i]).lower()[0] + if lettre in CONFIG["voyelles"]: + titre += "d'" + else: + titre += "de " + titre += listenoms[i] + + if prema>0: + titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] + if conf["agecorrige"] == "oui": + titre+=" (courbe en âge corrigé)" + else: + titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" #### extrapolatios éventuelles - #print("prolongercourbes" in conf) - if conf["prolongercourbes"] == "oui": - #print("coucou") - # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire - date_fin = int(l_jours[-1]) - dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi)) - donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err) - #print("données extrapolées !") - dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) - - # tracé des données extrapolées - plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) - debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) + # a-t-on demndé des calculs ? + jextrapole = conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui" + # Est-ce qu'on a demandé un calcul sur cette donnée ? + + for calextra in CONFIG["extradata"]: + jextrapole = jextrapole or conf["non_sauve"][calextra+"_type"] == typedonnee + + #print(jextrapole) + ############################## Là où on extrapole ################################ + if jextrapole: + try: + debug("Il faut extrapoler les courbes !", liste_err) + # Prendre l'ensemble des dates "source" + # print(conf["non_sauve"]["nbdataextra"]) + if conf["non_sauve"]["nbextradata"] == 0: + sources_extrap = l_jours + sources_extrap_data = l_poids + else: + sources_extrap = l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] # les derniers jours + sources_extrap_data = l_poids[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] + + debug("On extrapole sur les jours : "+str(sources_extrap), liste_err) + + # On récupère toutes les données extrapolées + dates_extrapole, donnees_extrapole = prolongecourbe(t, sources_extrap, sources_extrap_data, conf["typecourbe"], liste_err) + debug("données extrapolées !", liste_err) + #debug(str(dates_extrapole[0:10])+str(donnees_extrapole[0:10]), liste_err) + + # QUe veut-on maintenant sur ces données extrapolées ? + # Afficher la courbe + if conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui": + # On va prendre les extrapolations de la dernière donnée jusqu'à l fin du graphe + debut_extr = int(l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]]) + i_debut_extr = dates_extrapole.index(debut_extr) + if jour_maxi >= dates_extrapole[-1]: + i_fin_extr = len(dates_extrapole) -1 + else: + i_fin_extr = dates_extrapole.index(jour_maxi) + print("bla", i_debut_extr, i_fin_extr) + # Voilà ce qu'on veut tracer + dates_extrapole_trace = dates_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1] + donnees_extrapole_trace = donnees_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1] + dates_extrapole_trace = u.convertit_tableau(dates_extrapole_trace,unite,liste_err) + + # tracé des données extrapolées + plt.plot(dates_extrapole_trace, donnees_extrapole_trace,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) + debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) + + ### Calculer une donnée à l'âge x + if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee: + # On essaie l'interpolation + r = interpole_lineaire(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err) + if r==-1: + # ça sera donc une extrapolation + r = calcule_donnee_extrapolee(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err) + message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"]) + else: + message=formate_interpole() + + texte = formate_resultat_donnee(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], conf["non_sauve"]["calculextradata_date"], r, typedonnee, message, liste_err) + debug("calcul de la donnée extrapolée : "+texte, liste_err) + if texte!="": + liste_extracalculs.append(texte) + #print(liste_extracalculs) + # Ajouter le trait ? + if conf["non_sauve"]["calculextradata_trace"] == "oui": + dessine_guides(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], r, conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err) + + ### Calculer un âge où on atteint cette donnée + if conf["non_sauve"]["calculextratemps_type"] == typedonnee: + # interpolation + r = interpole_lineaire_ordonnee(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err) + if type(conf["naissance"]) == datetime.date: + rdate = conf["naissance"] + datetime.timedelta(days=r) + else: + rdate = None + + if r==-1: + # ça sera donc une extrapolation + r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err) + if type(conf["naissance"]) == datetime.date: + rdate = conf["naissance"] + datetime.timedelta(days=round(r)) + else: + rdate = None + message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"]) + else: + message=formate_interpole() + print(r, rdate) + texte = formate_resultat_age(r, rdate, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, message, liste_err) + + #r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, liste_err) + if texte!="": + liste_extracalculs.append(texte) + print(liste_extracalculs) + # Ajouter le trait ? + if conf["non_sauve"]["calculextratemps_trace"]: + dessine_guides(r, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err) + + except: + warning("Des problèmes pour extrapoler...", liste_err) else: debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) @@ -198,6 +339,30 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): poids_max = poids_max * 1.05 + + ### Repères additionnels éventuels. + #reperes est une liste qui contient des dictionnaires avec "typed" (type de donnée : âge, etc), "donnee" : + #la donnée (en jours pour l'âge), et "texte": le texte à mettre sur le repère en question. + #Pour tracer des repères verticaux (horizontaux plus tard) sur la courbe. + + debug("Échelle ok. Voir s'il y a des repères supplémentaires : "+str(conf["liste_reperes"]), liste_err) + + for rep in conf["liste_reperes"]: + if rep.get("trace", "") == "oui": # SI on veut tracer + agec = u.convertitunite(rep["donnee"], unite, liste_err) + # Tracé de la ligne verticale + ax.vlines(agec, poids_min, poids_max, linestyles="dashed", color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) + # date à afficher ? + if rep["affichedate"] == "oui" and rep["date"] != "": + ax.text(agec, poids_min,rep["date"]+" ", rotation=90, verticalalignment='top', horizontalalignment='center', color=conf["couleurs"]["cadretxt"], fontstyle="italic") + # Si y'a un texte à afficher + if rep["texte"] != "": + ax.text(agec, poids_min, " "+rep["texte"], rotation=90, verticalalignment='bottom', horizontalalignment='right', color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) + + + + + # Grille custom ? if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui": debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err) @@ -215,14 +380,19 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False) ax.set_yticks(echellemineure, minor=True) - # échelle en temps - pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi) + + # Le jour minimum n'est pas forcément zéro ! + age_mini = min(l_jours[0], 0) + + pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi - age_mini) debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err) + + - echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0]) + echellemajeure = arange(age_mini,age_maxi, pas[0]) if pas[1] >0: - echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1]) + echellemineure = arange(age_mini,age_maxi, pas[1]) else: echellemineure = [] ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False) @@ -239,14 +409,11 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) - #print("bla") plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) - #print("ble") if l_jours_conv == []: plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max]) else: plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max]) - #print("bli") if conf['legende']=="oui": @@ -264,43 +431,76 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): ######################################## Pour extrapoler la courbe -def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err): - """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours) - et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate +def prolongecourbe(tableauOMS, dates, donnees, typecourbe, liste_err): + """ tableauOMS est le ableau des données OMS. dates et donnees sont les dates (jours) + et les données d'où on extrapole. On calcule toutes les dates comme des sauvages. + On renvoie la liste des jours totale et la liste des data_totales (tableaux de jours) typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z à l'indice 1 - On renvoie [] si pas pu extrapoler. """ + On renvoie [],[] si pas pu extrapoler. """ + # les lignes OMS correspondant aux dates données + lignesoms = [tableauOMS[int(date)] for date in dates] + debug("prolongecourbe : Lignes OMS :"+str(lignesoms)+" valeur de données : "+str(donnees), liste_err) - # la ligne OMS - ligneoms = tableauOMS[date] - debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err) - # On cherche dans quel intervalle on se situe + # Principe : on cherche dans quel intervalle de "colonnes" on se situe. + # On va donc regarder pour chaque donnée entre quels i on se situe,et après + # prendre le plus grand intervalle. + # Numéros de colonnes d'où on part. Pour la fin c'est forcément longueur-1 if typecourbe == "P": idep=4 else: idep = 1 - i = idep - while i=len(ligneoms): - warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) - return [] - if i==idep: - warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) - return [] + + liste_indices = [] + for k in range(len(dates)): + i= idep + ligne = lignesoms[k] + while i=len(ligne): + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) + return [],[] + if i==idep: + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) + return [],[] + liste_indices.append(i) + imin=min(liste_indices) -1 + imax=max(liste_indices) + debug("Les données se situent dans les indices : "+str(imin)+", "+str(imax),liste_err) + # Maintenant on doit trouver les coeffs : on se situe en coeff * l[imin]+ (1-coeff)*ligne[imax] + # Et faire la moyenne de ces coeffs + total = 0 + for k in range(len(dates)): + ligne = lignesoms[k] + donnee = donnees[k] + total += (donnee - ligne[imax])/(ligne[imin] - ligne[imax]) + #print(k) + coeff_moyen = total/len(dates) + + debug("Coeff moyen calculé : "+str(coeff_moyen), liste_err) - # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i] - # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee - coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i]) + # On utilisera la même chose pour les nouvelle donnee # extrapolations + nouvdates =oms.extraire_colonne(tableauOMS,0) # On sort tout. + #print(nouvdates) nouvdonnees = [] for j in nouvdates: - ligne2 = tableauOMS[j] - nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i]) + ligne2 = tableauOMS[int(j)] + nouvdonnees.append(coeff_moyen*ligne2[imin]+ (1-coeff_moyen)*ligne2[imax]) + + return nouvdates,nouvdonnees + - return nouvdonnees \ No newline at end of file +def dessine_guides(t, data, couleur, unite, ax, liste_err): + """ dessine deux lignes, horizontales et verticales qui vont "vers" la courbe + jusqu'aux points (t, data). En pointillés et avec un point dessus.""" + debug("Début de dessine_guides"+str(t)+", "+str(data), liste_err) + t_conv = u.convertitunite(t,unite,liste_err) + ax.vlines(t_conv, 0, data, colors=couleur, linestyles="dashed") + ax.hlines(data, 0, t_conv, color=couleur, linestyles="dashed") + ax.plot([t_conv], [data], color=couleur, marker="*", ms=13)