X-Git-Url: https://git.immae.eu/?p=perso%2FDenise%2Foms.git;a=blobdiff_plain;f=trace_courbe.py;h=ed5f980b584e26e47b20c9f491bfeb6961ef5183;hp=c15960fa921ad82cee5cd1b96394bfe747b6b2e4;hb=7b1f383214c0a3e351bf0f369b0d1737e37980d1;hpb=5679dfd03c9761283e3a36d6d09798aaa334e1e9 diff --git a/trace_courbe.py b/trace_courbe.py index c15960f..ed5f980 100644 --- a/trace_courbe.py +++ b/trace_courbe.py @@ -1,96 +1,506 @@ #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- -from configuration import * -from gestionOMS import * -from gestion_unites import * +from configuration import CONFIG +import gestionOMS as oms +import gestion_unites as u +from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python, simplifie_nom +from gestion_erreurs import debug, erreur, warning +from calculs_extrapole import calcule_donnee_extrapolee, calcule_age_extrapole, interpole_lineaire, interpole_lineaire_ordonnee, formate_resultat_donnee, formate_resultat_age, formate_interpole, formate_extrapole +import datetime + +from numpy import arange + + import matplotlib.pyplot as plt -def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,liste_err): +# Essentiellement, la fonction qui trace la courbe, mais on y trouve également les fonctions d'extrapolation. +# Ainsi que les calculs additionnels. + + +def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_extracalculs, liste_err, enfants_add = []): + """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données + (donc pas forcément du poids) + typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"] + liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs)) + Renvoie la figure tracée, et les calculs additionnels sont mis sous forme de chaîne dans la liste + liste_extracalculs + Les enfants en plus sont dans la liste enfants_add. Pour chaque item de la liste, il faut prendre + item[typed] pour avoir accès au nom, ljours, et ldonnees - if conf["maxi"] == 0: - if l_jours != []: - jour_maxi = max(l_jours)# pas la peine d'aller très au delà du jour max - jour_maxi = int(jour_maxi* 1.1)+3 # on rajoute un peu + """ + debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf)+". Nombre d'enfants additionnels : "+str(len(enfants_add)),liste_err) + try: + liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) + except: + erreur("bug avec liste data labels",liste_err) + return "" + + ######################## Gestion des bornes ############################# + # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ? + if conf["maxi"] ==0: + # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? + if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: + jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) else: - jour_maxi = int(6*jours_dans_mois) # si pas de données, arbitrairement on met ça + jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1 else: jour_maxi = conf["maxi"]+1 - - jour_maxi = min(jour_maxi,jours_maxi_courbe) - - if conf["unite"] == "": - conf["unite"] = choix_unite(jour_maxi) - l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,conf["unite"],liste_err) - # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... - age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,conf["unite"],liste_err) + # Si on cherche à extrapoler au-delà + if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee and conf["non_sauve"]["calculextradata_age"]>jour_maxi: + jour_maxi = int(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"]) +1 + + # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes + jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) + debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err) + ##################### Gestion des unités ############################### + # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur + if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": + unite = u.choix_unite(jour_maxi) + debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) + elif conf["unite"] != "": + unite = conf["unite"] + else: + unite = conf["non_sauve"]["unite"] - titre = "Courbe de poids OMS" + ##################### Gestion de la prématurité #######################" + prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) + ## Gestion des prémas, deux cas : + # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma + # à toutes les données. + # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. + debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) + if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": + l_jours = [j-prema for j in l_jours] + jour_maxi = max(jour_maxi - prema, 2) + ## Si le jour maxi est <0 on met minimum 1 jour quand même ! + + + ###################### Conversion des unités ###########################"" + l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) + # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... + age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) + debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) + + #####################" Courbes OMS et titre ######################################" + titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" if conf["typecourbe"] == "P": # percentiles liste_data_labels = liste_data_labels_p if conf["sexe"] == "M": - fichier_oms = f_poids_perc_garcon + fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon titre += " (percentiles, garçon)" - else: - fichier_oms = f_poids_perc_fille + elif conf["sexe"] == "F": + fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"] titre += " (percentiles, fille)" + else: + fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"] + titre += " (percentiles)" elif conf["typecourbe"] == "Z": liste_data_labels = liste_data_labels_z - if conf["sexe"] == "G": - fichier_oms = f_poids_z_garcon + if conf["sexe"] == "M": + fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"] titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)" - else: - fichier_oms = f_poids_z_fille + elif conf["sexe"] == "F": + fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"] titre += " (moyenne et écarts-types, fille)" - - # Si y'a un nom on met "courbe de machin" - if conf["nom"] !="": - titre += " de " +conf["nom"] - + else: + fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"] + titre += " (moyenne et écarts-types)" + else: + erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err) + return "" - # convertir les unités + ## On finira le titre plus tard quand on aura su qui est concerné + + #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) + debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) + #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues - t = lire_fichier_csv(fichier_oms) - coljour = convertit_tableau(extraire_colonne(t,0,jour_maxi),conf["unite"],liste_err) + try: + t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms) + except: + erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err) + return "" + debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err) + try: + coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) + if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": + coljour = [j + prema for j in coljour] + coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) + except: + erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) + return "" - #### La figure - fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor='w', edgecolor='k') + ##################### Création de la figure et du graphique ################### + debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) + #### La figure, params + fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"]) + plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"] + plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"] + plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] + plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] + plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"] + plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] + ax = plt.axes() + + ###################### Tracé des différentes courbes + #Tracé des courbes OMS for (i,label,couleur) in liste_data_labels: - plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) - - # On extrait la valeur min et la valeur max des poids - (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[0] - (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[-1] + ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) + + debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) + + ### Tracé pour de bon + if l_jours != []: + print(conf["symbole"]) + ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["courbeenfant"],marker=conf["symbole"]) + debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) + + + listenoms = [] + if conf["nom"] != "": # Ajouter le nom de l'enfant + listenoms.append(conf["nom"]) + +# if enfants_add != []: +# debug("Il y a des enfants en plus à tracer. Données : "+str(enfants_add), liste_err) + for enfant in enfants_add: # Enfants additionnels éventuels + conf_add, lj, ld = enfant[typedonnee] # On récuère les données + if lj != []: # pas la peine de tracer si y'a rien à tracer + # Ajouter le nom de cet enfant-là + listenoms.append(conf_add["nom"]) + # Le mot "courbe" doit être au pluriel du coup ! + titre = titre.replace("Courbe ", "Courbes ") + lj_conv = u.convertit_tableau(lj,unite,liste_err) + debug("Tracé de la courbe additionnelle de "+conf_add["nom"]+" config : "+str(conf_add), liste_err) + ax.plot(lj_conv, ld, label=conf_add["nom"], color=conf_add["couleurcourbe"],marker=conf_add["symbole"]) + + if conf["sexe"] != conf_add["sexe"]: + warning("Attention, tous les enfants n'ont pas le même sexe. La courbe de référence est celle de "+conf["nom"]+" et ne sera pas forcément pertinente pour les autres. Vous pouvez éventuellement essayer la courbe neutre. Remarque : cette alerte s'affichera quand même.", liste_err) + + + # Si y'a un nom on met "courbe de machin, de bidule, d'alala, de truc" + for i in range(len(listenoms)): + # Mot de liaison : , ou et ? + if i>0 and i!=len(listenoms)-1: + titre += ", " + elif i>0 and i == len(listenoms) -1: + titre+= " et " + else: + titre += " " + # Est-ce que la première lettre est une voyelle ? + lettre = simplifie_nom(listenoms[i]).lower()[0] + if lettre in CONFIG["voyelles"]: + titre += "d'" + else: + titre += "de " + titre += listenoms[i] + + if prema>0: + titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] + if conf["agecorrige"] == "oui": + titre+=" (courbe en âge corrigé)" + else: + titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" + + #### extrapolatios éventuelles + # a-t-on demndé des calculs ? + jextrapole = conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui" + # Est-ce qu'on a demandé un calcul sur cette donnée ? + + for calextra in CONFIG["extradata"]: + jextrapole = jextrapole or conf["non_sauve"][calextra+"_type"] == typedonnee + + #print(jextrapole) + ############################## Là où on extrapole ################################ + if jextrapole: + try: + debug("Il faut extrapoler les courbes !", liste_err) + # Prendre l'ensemble des dates "source" + # print(conf["non_sauve"]["nbdataextra"]) + if conf["non_sauve"]["nbextradata"] == 0: + sources_extrap = l_jours + sources_extrap_data = l_poids + else: + sources_extrap = l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] # les derniers jours + sources_extrap_data = l_poids[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] + + debug("On extrapole sur les jours : "+str(sources_extrap), liste_err) + + # On récupère toutes les données extrapolées + dates_extrapole, donnees_extrapole = prolongecourbe(t, sources_extrap, sources_extrap_data, conf["typecourbe"], liste_err) + debug("données extrapolées !", liste_err) + #debug(str(dates_extrapole[0:10])+str(donnees_extrapole[0:10]), liste_err) + + # QUe veut-on maintenant sur ces données extrapolées ? + # Afficher la courbe + if conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui": + # On va prendre les extrapolations de la dernière donnée jusqu'à l fin du graphe + debut_extr = int(l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]]) + i_debut_extr = dates_extrapole.index(debut_extr) + if jour_maxi >= dates_extrapole[-1]: + i_fin_extr = len(dates_extrapole) -1 + else: + i_fin_extr = dates_extrapole.index(jour_maxi) + print("bla", i_debut_extr, i_fin_extr) + # Voilà ce qu'on veut tracer + dates_extrapole_trace = dates_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1] + donnees_extrapole_trace = donnees_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1] + dates_extrapole_trace = u.convertit_tableau(dates_extrapole_trace,unite,liste_err) + + # tracé des données extrapolées + plt.plot(dates_extrapole_trace, donnees_extrapole_trace,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) + debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) + + ### Calculer une donnée à l'âge x + if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee: + # On essaie l'interpolation + r = interpole_lineaire(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err) + if r==-1: + # ça sera donc une extrapolation + r = calcule_donnee_extrapolee(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err) + message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"]) + else: + message=formate_interpole() + + texte = formate_resultat_donnee(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], conf["non_sauve"]["calculextradata_date"], r, typedonnee, message, liste_err) + debug("calcul de la donnée extrapolée : "+texte, liste_err) + if texte!="": + liste_extracalculs.append(texte) + #print(liste_extracalculs) + # Ajouter le trait ? + if conf["non_sauve"]["calculextradata_trace"] == "oui": + dessine_guides(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], r, conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err) + + ### Calculer un âge où on atteint cette donnée + if conf["non_sauve"]["calculextratemps_type"] == typedonnee: + # interpolation + r = interpole_lineaire_ordonnee(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err) + if type(conf["naissance"]) == datetime.date: + rdate = conf["naissance"] + datetime.timedelta(days=r) + else: + rdate = None + + if r==-1: + # ça sera donc une extrapolation + r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err) + if type(conf["naissance"]) == datetime.date: + rdate = conf["naissance"] + datetime.timedelta(days=round(r)) + else: + rdate = None + message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"]) + else: + message=formate_interpole() + print(r, rdate) + texte = formate_resultat_age(r, rdate, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, message, liste_err) + + #r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, liste_err) + if texte!="": + liste_extracalculs.append(texte) + print(liste_extracalculs) + # Ajouter le trait ? + if conf["non_sauve"]["calculextratemps_trace"]: + dessine_guides(r, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err) + + except: + warning("Des problèmes pour extrapoler...", liste_err) + + else: + debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) + + ###################" Gestion de l'échelle ##################### + debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err) + ### échelle à régler + + # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données + (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] + (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] - poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) - poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) + # poids max OMS + poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) + poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) if l_jours != []: poids_min = min(min(l_poids),poids_min) - poids_max = max(max(l_poids),poids_max) + # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau + i = 0 + while i0: + echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1]) + else: + echellemineure = [] + + ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False) + ax.set_yticks(echellemineure, minor=True) + # échelle en temps + + # Le jour minimum n'est pas forcément zéro ! + age_mini = min(l_jours[0], 0) + + pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi - age_mini) + debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err) + + + + echellemajeure = arange(age_mini,age_maxi, pas[0]) + if pas[1] >0: + echellemineure = arange(age_mini,age_maxi, pas[1]) + else: + echellemineure = [] + ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False) + ax.set_xticks(echellemineure, minor=True) + + ################################# Aspect du graphique + + debug("On commende la déco du graphique", liste_err) + + # La grille + ax.grid(conf["grille"]=="oui") + ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--") + + + plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) + plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) + plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) + if l_jours_conv == []: + plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max]) + else: + plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max]) + if conf['legende']=="oui": - plt.legend(loc=conf['positionlegende']) - plt.grid(conf["grille"]=="oui") + legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende']) + plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) + fig.tight_layout() - return fig \ No newline at end of file + + debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err) + return fig + + + + +######################################## Pour extrapoler la courbe + +def prolongecourbe(tableauOMS, dates, donnees, typecourbe, liste_err): + """ tableauOMS est le ableau des données OMS. dates et donnees sont les dates (jours) + et les données d'où on extrapole. On calcule toutes les dates comme des sauvages. + On renvoie la liste des jours totale et la liste des data_totales + (tableaux de jours) + typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z + à l'indice 1 + On renvoie [],[] si pas pu extrapoler. """ + # les lignes OMS correspondant aux dates données + lignesoms = [tableauOMS[int(date)] for date in dates] + debug("prolongecourbe : Lignes OMS :"+str(lignesoms)+" valeur de données : "+str(donnees), liste_err) + + + + # Principe : on cherche dans quel intervalle de "colonnes" on se situe. + # On va donc regarder pour chaque donnée entre quels i on se situe,et après + # prendre le plus grand intervalle. + # Numéros de colonnes d'où on part. Pour la fin c'est forcément longueur-1 + if typecourbe == "P": + idep=4 + else: + idep = 1 + + liste_indices = [] + for k in range(len(dates)): + i= idep + ligne = lignesoms[k] + while i=len(ligne): + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) + return [],[] + if i==idep: + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) + return [],[] + liste_indices.append(i) + imin=min(liste_indices) -1 + imax=max(liste_indices) + debug("Les données se situent dans les indices : "+str(imin)+", "+str(imax),liste_err) + # Maintenant on doit trouver les coeffs : on se situe en coeff * l[imin]+ (1-coeff)*ligne[imax] + # Et faire la moyenne de ces coeffs + total = 0 + for k in range(len(dates)): + ligne = lignesoms[k] + donnee = donnees[k] + total += (donnee - ligne[imax])/(ligne[imin] - ligne[imax]) + #print(k) + coeff_moyen = total/len(dates) + + debug("Coeff moyen calculé : "+str(coeff_moyen), liste_err) + + # On utilisera la même chose pour les nouvelle donnee + + # extrapolations + nouvdates =oms.extraire_colonne(tableauOMS,0) # On sort tout. + #print(nouvdates) + nouvdonnees = [] + for j in nouvdates: + ligne2 = tableauOMS[int(j)] + nouvdonnees.append(coeff_moyen*ligne2[imin]+ (1-coeff_moyen)*ligne2[imax]) + + return nouvdates,nouvdonnees + + +def dessine_guides(t, data, couleur, unite, ax, liste_err): + """ dessine deux lignes, horizontales et verticales qui vont "vers" la courbe + jusqu'aux points (t, data). En pointillés et avec un point dessus.""" + debug("Début de dessine_guides"+str(t)+", "+str(data), liste_err) + t_conv = u.convertitunite(t,unite,liste_err) + ax.vlines(t_conv, 0, data, colors=couleur, linestyles="dashed") + ax.hlines(data, 0, t_conv, color=couleur, linestyles="dashed") + ax.plot([t_conv], [data], color=couleur, marker="*", ms=13)