X-Git-Url: https://git.immae.eu/?p=perso%2FDenise%2Foms.git;a=blobdiff_plain;f=trace_courbe.py;h=c3e16919477f4a1d39a87f47863f293a57443567;hp=fab64718c0f7508795f13fea2854b268e5b3d19e;hb=a680b2f78891692be215013481e167da2fffb5d8;hpb=c2fe511bb9e6974cc267b8926a47b1fa81b37da3 diff --git a/trace_courbe.py b/trace_courbe.py index fab6471..c3e1691 100644 --- a/trace_courbe.py +++ b/trace_courbe.py @@ -1,9 +1,11 @@ #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- from configuration import CONFIG -from gestionOMS import * -from gestion_unites import * +import gestionOMS as oms +import gestion_unites as u from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python +from gestion_erreurs import debug, erreur, warning +from numpy import arange import matplotlib.pyplot as plt @@ -11,18 +13,22 @@ import matplotlib.pyplot as plt def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): - debug("debut de cree_figure",liste_err) + """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données + (donc pas forcément du poids) + typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"] + liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs)) + Renvoie la figure tracée""" + debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err) try: - liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) + liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) except: erreur("bug avec liste data labels",liste_err) return "" - # maxi saisi par l'utilisateur ? + ######################## Gestion des bornes ############################# + # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ? if conf["maxi"] ==0: # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? - print(conf) - print(conf["non_sauve"]) if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) else: @@ -30,42 +36,41 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): else: jour_maxi = conf["maxi"]+1 - # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) - debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err) + debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err) + ##################### Gestion des unités ############################### # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": - unite = choix_unite(jour_maxi) + unite = u.choix_unite(jour_maxi) debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) elif conf["unite"] != "": unite = conf["unite"] else: unite = conf["non_sauve"]["unite"] - #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err) + ##################### Gestion de la prématurité #######################" prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) ## Gestion des prémas, deux cas : # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma # à toutes les données. # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. - - debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) - + debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": l_jours = [j-prema for j in l_jours] jour_maxi = jour_maxi - prema -# debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err) - l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) + + ###################### Conversion des unités ###########################"" + l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... - age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) + age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) + #####################" Courbes OMS et titre ######################################" titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" - if conf["typecourbe"] == "P": # percentiles liste_data_labels = liste_data_labels_p @@ -97,7 +102,6 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): if conf["nom"] !="": titre += " de " +conf["nom"] - if prema>0: titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] if conf["agecorrige"] == "oui": @@ -105,30 +109,28 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): else: titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" - debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) + #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) + - - - # convertir les unités - #### Partie code OMS #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues try: - t = lire_fichier_csv(fichier_oms) + t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms) except: - liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms) + erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err) return "" - debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err) + debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err) try: - coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) + coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": coljour = [j + prema for j in coljour] - coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) + coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) except: erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) return "" + ##################### Création de la figure et du graphique ################### debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) #### La figure, params @@ -139,40 +141,18 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"] plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] + ax = plt.axes() + ###################### Tracé des différentes courbes #Tracé des courbes OMS for (i,label,couleur) in liste_data_labels: - plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) - #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err) + ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) - - - ##### Tracé des courbes OMS fini - - # On extrait la valeur min et la valeur max des poids - (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] - (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] - - debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err) - - poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) - poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) - if l_jours != []: - poids_min = min(min(l_poids),poids_min) - poids_max = max(max(l_poids),poids_max) - # On ajuste un peu ces min et max - # min : valeur min -1kg - poids_min = max(0,poids_min-1) - #max : +5% - poids_max = poids_max * 1.05 - - debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err) - ### Tracé pour de bon if l_jours != []: - plt.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') + ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) #### extrapolatios éventuelles @@ -184,14 +164,79 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi)) donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err) #print("données extrapolées !") - dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) + dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) # tracé des données extrapolées plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) + debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) else: debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) + ###################" Gestion de l'échelle ##################### + debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err) + ### échelle à régler + + # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données + (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] + (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] + + # poids max OMS + poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) + poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) + if l_jours != []: + poids_min = min(min(l_poids),poids_min) + # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau + i = 0 + while i0: + echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1]) + else: + echellemineure = [] + + ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False) + ax.set_yticks(echellemineure, minor=True) + + # échelle en temps + pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi) + debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err) + + echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0]) + if pas[1] >0: + echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1]) + else: + echellemineure = [] + ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False) + ax.set_xticks(echellemineure, minor=True) + + ################################# Aspect du graphique + + debug("On commende la déco du graphique", liste_err) + + # La grille + ax.grid(conf["grille"]=="oui") + ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--") + + plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) #print("bla") @@ -207,15 +252,18 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): if conf['legende']=="oui": legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende']) plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) - plt.grid(conf["grille"]=="oui") + fig.tight_layout() - debug("Fin de cree_figure", liste_err) + debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err) return fig + +######################################## Pour extrapoler la courbe + def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err): """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours) et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate @@ -239,17 +287,15 @@ def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err): i+=1 debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err) if i>=len(ligneoms): - warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err) + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) return [] if i==idep: - warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err) + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) return [] # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i] # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee - #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1]) coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i]) - #print("coeff : "+str(coeff)) # extrapolations nouvdonnees = []