X-Git-Url: https://git.immae.eu/?p=perso%2FDenise%2Foms.git;a=blobdiff_plain;f=trace_courbe.py;h=c3e16919477f4a1d39a87f47863f293a57443567;hp=9cb4845c658c63191caaf39e49546f7ff63704fd;hb=a680b2f78891692be215013481e167da2fffb5d8;hpb=685a5f75f63d483d09a593ec69efad882a63a34e diff --git a/trace_courbe.py b/trace_courbe.py index 9cb4845..c3e1691 100644 --- a/trace_courbe.py +++ b/trace_courbe.py @@ -1,9 +1,10 @@ #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- from configuration import CONFIG -from gestionOMS import * -from gestion_unites import * +import gestionOMS as oms +import gestion_unites as u from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python +from gestion_erreurs import debug, erreur, warning from numpy import arange import matplotlib.pyplot as plt @@ -12,18 +13,22 @@ import matplotlib.pyplot as plt def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): - debug("debut de cree_figure",liste_err) + """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données + (donc pas forcément du poids) + typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"] + liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs)) + Renvoie la figure tracée""" + debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err) try: - liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) + liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) except: erreur("bug avec liste data labels",liste_err) return "" - # maxi saisi par l'utilisateur ? + ######################## Gestion des bornes ############################# + # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ? if conf["maxi"] ==0: # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? - print(conf) - print(conf["non_sauve"]) if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) else: @@ -31,42 +36,41 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): else: jour_maxi = conf["maxi"]+1 - # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) - debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err) + debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err) + ##################### Gestion des unités ############################### # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": - unite = choix_unite(jour_maxi) + unite = u.choix_unite(jour_maxi) debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) elif conf["unite"] != "": unite = conf["unite"] else: unite = conf["non_sauve"]["unite"] - #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err) + ##################### Gestion de la prématurité #######################" prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) ## Gestion des prémas, deux cas : # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma # à toutes les données. # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. - - debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) - + debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": l_jours = [j-prema for j in l_jours] jour_maxi = jour_maxi - prema -# debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err) - l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) + + ###################### Conversion des unités ###########################"" + l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... - age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) + age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) + #####################" Courbes OMS et titre ######################################" titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" - if conf["typecourbe"] == "P": # percentiles liste_data_labels = liste_data_labels_p @@ -98,7 +102,6 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): if conf["nom"] !="": titre += " de " +conf["nom"] - if prema>0: titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] if conf["agecorrige"] == "oui": @@ -106,30 +109,28 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): else: titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" - debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) + #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) + - - - # convertir les unités - #### Partie code OMS #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues try: - t = lire_fichier_csv(fichier_oms) + t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms) except: - liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms) + erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err) return "" - debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err) + debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err) try: - coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) + coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": coljour = [j + prema for j in coljour] - coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) + coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) except: erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) return "" + ##################### Création de la figure et du graphique ################### debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) #### La figure, params @@ -142,36 +143,13 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] ax = plt.axes() + ###################### Tracé des différentes courbes #Tracé des courbes OMS for (i,label,couleur) in liste_data_labels: - ax.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) - #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err) + ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) - - - ##### Tracé des courbes OMS fini - - # On extrait la valeur min et la valeur max des poids - (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] - (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] - - debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err) - - poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) - poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) - if l_jours != []: - poids_min = min(min(l_poids),poids_min) - poids_max = max(max(l_poids),poids_max) - # On ajuste un peu ces min et max - # min : valeur min -1kg - poids_min = max(0,poids_min-1) - #max : +5% - poids_max = poids_max * 1.05 - - - debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err) - + ### Tracé pour de bon if l_jours != []: ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') @@ -186,20 +164,44 @@ def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi)) donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err) #print("données extrapolées !") - dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) + dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) # tracé des données extrapolées plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) + debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) else: debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) - debug("Début de la gestion de l'échelle", liste_err) + ###################" Gestion de l'échelle ##################### + debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err) ### échelle à régler + + # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données + (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] + (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] + # poids max OMS + poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) + poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) + if l_jours != []: + poids_min = min(min(l_poids),poids_min) + # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau + i = 0 + while i=len(ligneoms): - warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err) + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) return [] if i==idep: - warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err) + warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) return [] # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i] # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee - #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1]) coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i]) - #print("coeff : "+str(coeff)) # extrapolations nouvdonnees = []