#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
from configuration import CONFIG
-from gestionOMS import *
-from gestion_unites import *
+import gestionOMS as oms
+import gestion_unites as u
from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python
+from gestion_erreurs import debug, erreur, warning
from numpy import arange
import matplotlib.pyplot as plt
def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err):
- debug("debut de cree_figure",liste_err)
+ """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données
+ (donc pas forcément du poids)
+ typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"]
+ liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs))
+ Renvoie la figure tracée"""
+ debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err)
try:
- liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
+ liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
except:
erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
return ""
- # maxi saisi par l'utilisateur ?
+ ######################## Gestion des bornes #############################
+ # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ?
if conf["maxi"] ==0:
# Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
- print(conf)
- print(conf["non_sauve"])
if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
else:
else:
jour_maxi = conf["maxi"]+1
-
# On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
- debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err)
+ debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err)
+ ##################### Gestion des unités ###############################
# si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
- unite = choix_unite(jour_maxi)
+ unite = u.choix_unite(jour_maxi)
debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
elif conf["unite"] != "":
unite = conf["unite"]
else:
unite = conf["non_sauve"]["unite"]
- #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err)
+ ##################### Gestion de la prématurité #######################"
prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
## Gestion des prémas, deux cas :
# Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
# à toutes les données.
# Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
-
- debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
-
+ debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
l_jours = [j-prema for j in l_jours]
jour_maxi = jour_maxi - prema
-# debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err)
- l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
+
+ ###################### Conversion des unités ###########################""
+ l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
# Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
- age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
+ age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
+ #####################" Courbes OMS et titre ######################################"
titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
-
if conf["typecourbe"] == "P":
# percentiles
liste_data_labels = liste_data_labels_p
if conf["nom"] !="":
titre += " de " +conf["nom"]
-
if prema>0:
titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
if conf["agecorrige"] == "oui":
else:
titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
- debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
+ #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
+
-
-
- # convertir les unités
- #### Partie code OMS
#### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
try:
- t = lire_fichier_csv(fichier_oms)
+ t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms)
except:
- liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms)
+ erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err)
return ""
- debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err)
+ debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err)
try:
- coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
+ coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
coljour = [j + prema for j in coljour]
- coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
+ coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
except:
erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
return ""
+ ##################### Création de la figure et du graphique ###################
debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
#### La figure, params
plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
ax = plt.axes()
+ ###################### Tracé des différentes courbes
#Tracé des courbes OMS
for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
- ax.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
- #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err)
+ ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
-
-
- ##### Tracé des courbes OMS fini
-
- # On extrait la valeur min et la valeur max des poids
- (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
- (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
-
- debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err)
-
- poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
- poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
- if l_jours != []:
- poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
- poids_max = max(max(l_poids),poids_max)
- # On ajuste un peu ces min et max
- # min : valeur min -1kg
- poids_min = max(0,poids_min-1)
- #max : +5%
- poids_max = poids_max * 1.05
-
-
- debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err)
-
+
### Tracé pour de bon
if l_jours != []:
ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi))
donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err)
#print("données extrapolées !")
- dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
+ dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
# tracé des données extrapolées
plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
+ debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err)
else:
debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
- debug("Début de la gestion de l'échelle", liste_err)
+ ###################" Gestion de l'échelle #####################
+ debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err)
### échelle à régler
+
+ # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données
+ (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
+ (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
+ # poids max OMS
+ poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
+ poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
+ if l_jours != []:
+ poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
+ # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau
+ i = 0
+ while i<len(l_jours) and l_jours[i]<jour_maxi:
+ i=i+1
+ poids_max = max(max(l_poids[0:i+1]),poids_max)
+ # On ajuste un peu ces min et max
+ # min : valeur min -1kg
+ poids_min = max(0,poids_min-1)
+ #max : +5%
+ poids_max = poids_max * 1.05
+
+
+ # Grille custom ?
if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui":
-
- pas=choix_echelle_data(typedonnee, poids_max)
+ debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err)
+ pas=u.choix_echelle_data(typedonnee, poids_max)
# data_min_arrondie
minechelle = int(poids_min/pas[0])*pas[0]
ax.set_yticks(echellemineure, minor=True)
# échelle en temps
- pas=choix_echelle_temps(unite, age_maxi)
+ pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi)
debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err)
echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0])
ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False)
ax.set_xticks(echellemineure, minor=True)
-
- #### Aspect du graphique
+ ################################# Aspect du graphique
debug("On commende la déco du graphique", liste_err)
fig.tight_layout()
- debug("Fin de cree_figure", liste_err)
+ debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err)
return fig
-### Pour extrapoler la courbe
+######################################## Pour extrapoler la courbe
def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err):
""" tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours)
i+=1
debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
if i>=len(ligneoms):
- warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err)
+ warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err)
return []
if i==idep:
- warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err)
+ warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err)
return []
# Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i]
# On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee
- #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1])
coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i])
- #print("coeff : "+str(coeff))
# extrapolations
nouvdonnees = []
projects / perso / Denise / oms.git / blobdiff