#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
-from configuration import *
-from gestionOMS import *
-from gestion_unites import *
+from configuration import CONFIG
+import gestionOMS as oms
+import gestion_unites as u
+from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python, convertit_age_vers_texte
+from gestion_erreurs import debug, erreur, warning
+from calculs_extrapole import calcule_donnee_extrapolee, calcule_age_extrapole, interpole_lineaire, interpole_lineaire_ordonnee, formate_resultat_donnee, formate_resultat_age, formate_interpole, formate_extrapole
+
+from numpy import arange
+
import matplotlib.pyplot as plt
-def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,liste_err):
+# Essentiellement, la fonction qui trace la courbe, mais on y trouve également les fonctions d'extrapolation.
+# Ainsi que les calculs additionnels.
+
+
+def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_extracalculs, liste_err):
+ """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données
+ (donc pas forcément du poids)
+ typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"]
+ liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs))
+ Renvoie la figure tracée, et les calculs additionnels sont mis sous forme de chaîne dans la liste
+ liste_extracalculs"""
+ debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err)
try:
- liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,liste_data_choisie_p,liste_data_choisie_z,liste_err)
+ liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
except:
erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
return ""
+ ######################## Gestion des bornes #############################
+ # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ?
if conf["maxi"] ==0:
- if l_jours != []:
- jour_maxi = max(l_jours)# pas la peine d'aller très au delà du jour max
- jour_maxi = int(jour_maxi* 1.1)+3 # on rajoute un peu
+ # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
+ if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
+ jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
else:
- jour_maxi = CONFIG["jours_defaut_donneesvides"] # si pas de données, arbitrairement on met ça
+ jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1
else:
jour_maxi = conf["maxi"]+1
-
+
# On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
+ debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err)
- if conf["unite"] == "":
- conf["unite"] = choix_unite(jour_maxi)
-
- l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,conf["unite"],liste_err)
- # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
- age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,conf["unite"],liste_err)
+ ##################### Gestion des unités ###############################
+ # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
+ if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
+ unite = u.choix_unite(jour_maxi)
+ debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
+ elif conf["unite"] != "":
+ unite = conf["unite"]
+ else:
+ unite = conf["non_sauve"]["unite"]
+ ##################### Gestion de la prématurité #######################"
+ prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
+ ## Gestion des prémas, deux cas :
+ # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
+ # à toutes les données.
+ # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
+ debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
+ if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
+ l_jours = [j-prema for j in l_jours]
+ jour_maxi = jour_maxi - prema
- titre = "Courbe de poids OMS"
-
+
+ ###################### Conversion des unités ###########################""
+ l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
+ # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
+ age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
+ debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
+
+ #####################" Courbes OMS et titre ######################################"
+ titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
if conf["typecourbe"] == "P":
# percentiles
liste_data_labels = liste_data_labels_p
if conf["sexe"] == "M":
- fichier_oms = f_poids_perc_garcon
+ fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
titre += " (percentiles, garçon)"
elif conf["sexe"] == "F":
- fichier_oms = f_poids_perc_fille
+ fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"]
titre += " (percentiles, fille)"
else:
- fichier_oms = f_poids_perc_mixte
+ fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"]
titre += " (percentiles)"
elif conf["typecourbe"] == "Z":
liste_data_labels = liste_data_labels_z
- if conf["sexe"] == "G":
- fichier_oms = f_poids_z_garcon
+ if conf["sexe"] == "M":
+ fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"]
titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)"
elif conf["sexe"] == "F":
- fichier_oms = f_poids_z_fille
+ fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"]
titre += " (moyenne et écarts-types, fille)"
else:
- fichier_oms = f_poids_z_mixte
+ fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"]
titre += " (moyenne et écarts-types)"
else:
- warning("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
-
-# warning("cree_figure : ça va jusque là ",liste_err)
-# warning("bli"+str(conf),liste_err)
-
-
+ erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
+ return ""
+
# Si y'a un nom on met "courbe de machin"
if conf["nom"] !="":
titre += " de " +conf["nom"]
-
-
- # convertir les unités
+
+ if prema>0:
+ titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
+ if conf["agecorrige"] == "oui":
+ titre+=" (courbe en âge corrigé)"
+ else:
+ titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
+
+ #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
+ debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
+
#### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
try:
- t = lire_fichier_csv(fichier_oms)
+ t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms)
except:
- liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms)
- coljour = convertit_tableau(extraire_colonne(t,0,jour_maxi),conf["unite"],liste_err)
+ erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err)
+ return ""
+
+ debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err)
+ try:
+ coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
+ if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
+ coljour = [j + prema for j in coljour]
+ coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
+ except:
+ erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
+ return ""
+
+ ##################### Création de la figure et du graphique ###################
+ debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
+ #### La figure, params
-
- #### La figure
fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"])
plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"]
plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"]
plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"]
plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
+ ax = plt.axes()
- #warning("bla"+str(liste_data_labels),liste_err)
+ ###################### Tracé des différentes courbes
+ #Tracé des courbes OMS
for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
- plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
- #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err)
+ ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
+ debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
+
+ ### Tracé pour de bon
+ if l_jours != []:
+ ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
+ debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err)
+
+ #### extrapolatios éventuelles
+ # a-t-on demndé des calculs ?
+ jextrapole = conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui"
+ # Est-ce qu'on a demandé un calcul sur cette donnée ?
+ print()
+ for calextra in CONFIG["extradata"]:
+ jextrapole = jextrapole or conf["non_sauve"][calextra+"_type"] == typedonnee
+
+ #print(jextrapole)
+ ############################## Là où on extrapole ################################
+ if jextrapole:
+ try:
+ debug("Il faut extrapoler les courbes !", liste_err)
+ # Prendre l'ensemble des dates "source"
+ # print(conf["non_sauve"]["nbdataextra"])
+ if conf["non_sauve"]["nbextradata"] == 0:
+ sources_extrap = l_jours
+ sources_extrap_data = l_poids
+ else:
+ sources_extrap = l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] # les derniers jours
+ sources_extrap_data = l_poids[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:]
+
+ debug("On extrapole sur les jours : "+str(sources_extrap), liste_err)
+
+ # On récupère toutes les données extrapolées
+ dates_extrapole, donnees_extrapole = prolongecourbe(t, sources_extrap, sources_extrap_data, conf["typecourbe"], liste_err)
+ debug("données extrapolées !", liste_err)
+ #debug(str(dates_extrapole[0:10])+str(donnees_extrapole[0:10]), liste_err)
+
+ # QUe veut-on maintenant sur ces données extrapolées ?
+ # Afficher la courbe
+ if conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui":
+ # On va prendre les extrapolations de la dernière donnée jusqu'à l fin du graphe
+ debut_extr = int(l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]])
+ i_debut_extr = dates_extrapole.index(debut_extr)
+ i_fin_extr = dates_extrapole.index(jour_maxi)
+ # Voilà ce qu'on veut tracer
+ dates_extrapole_trace = dates_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1]
+ donnees_extrapole_trace = donnees_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1]
+ dates_extrapole_trace = u.convertit_tableau(dates_extrapole_trace,unite,liste_err)
+
+ # tracé des données extrapolées
+ plt.plot(dates_extrapole_trace, donnees_extrapole_trace,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
+ debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err)
+
+ ### Calculer une donnée à l'âge x
+ if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee:
+ # On essaie l'interpolation
+ r = interpole_lineaire(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err)
+ if r==-1:
+ # ça sera donc une extrapolation
+ r = calcule_donnee_extrapolee(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err)
+ message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"])
+# if == 0:
+# message+="l'ensemble des données"
+# else:
+# message+="les "+str(conf["non_sauve"]["nbextradata"])+" dernière"+met_s(conf["non_sauve"]["nbextradata"])+" données"
+ else:
+ message=formate_interpole()
+
+ texte = formate_resultat_donnee(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], r, typedonnee, message, liste_err)
+ debug("calcul de la donnée extrapolée : "+texte, liste_err)
+ if texte!="":
+ liste_extracalculs.append(texte)
+ print(liste_extracalculs)
+ # Ajouter le trait ?
+ if conf["non_sauve"]["calculextradata_trace"] == "oui":
+ dessine_guides(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], r, conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err)
+
+ ### Calculer un âge où on atteint cette donnée
+ if conf["non_sauve"]["calculextratemps_type"] == typedonnee:
+ # interpolation
+ r = interpole_lineaire_ordonnee(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err)
+ if r==-1:
+ # ça sera donc une extrapolation
+ r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err)
+ message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"])
+ else:
+ message=formate_interpole()
+
+ texte = formate_resultat_age(r, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, message, liste_err)
+
+ #r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, liste_err)
+ if texte!="":
+ liste_extracalculs.append(texte)
+ print(liste_extracalculs)
+ # Ajouter le trait ?
+ if conf["non_sauve"]["calculextratemps_trace"]:
+ dessine_guides(r, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err)
+
+ except:
+ warning("Des problèmes pour extrapoler...", liste_err)
+
+ else:
+ debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
-
- # On extrait la valeur min et la valeur max des poids
+ ###################" Gestion de l'échelle #####################
+ debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err)
+ ### échelle à régler
+
+ # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données
(colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
(colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
- poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
- poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
+ # poids max OMS
+ poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
+ poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
if l_jours != []:
poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
- poids_max = max(max(l_poids),poids_max)
+ # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau
+ i = 0
+ while i<len(l_jours) and l_jours[i]<jour_maxi:
+ i=i+1
+ poids_max = max(max(l_poids[0:i+1]),poids_max)
# On ajuste un peu ces min et max
# min : valeur min -1kg
poids_min = max(0,poids_min-1)
#max : +5%
poids_max = poids_max * 1.05
+
+
+ # Grille custom ?
+ if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui":
+ debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err)
+ pas=u.choix_echelle_data(typedonnee, poids_max)
+ # data_min_arrondie
+ minechelle = int(poids_min/pas[0])*pas[0]
- #warning("Jusque là ça marche",liste_err)
+ debug("pas choisis pour l'échelle en y : "+str(pas), liste_err)
+ echellemajeure = arange(minechelle, poids_max, pas[0])
+
+ if pas[1] >0:
+ echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1])
+ else:
+ echellemineure = []
+
+ ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False)
+ ax.set_yticks(echellemineure, minor=True)
- if l_jours != []:
- plt.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleur_cadretxt"],marker='o')
+ # échelle en temps
+ pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi)
+ debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err)
- plt.xlabel("Âge en "+conf["unite"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
- plt.ylabel("Poids en kg",color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
+ echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0])
+ if pas[1] >0:
+ echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1])
+ else:
+ echellemineure = []
+ ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False)
+ ax.set_xticks(echellemineure, minor=True)
+
+ ################################# Aspect du graphique
+
+ debug("On commende la déco du graphique", liste_err)
+
+ # La grille
+ ax.grid(conf["grille"]=="oui")
+ ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--")
+
+
+ plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
+ plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
- plt.axis([0,age_maxi,poids_min,poids_max])
+ if l_jours_conv == []:
+ plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max])
+ else:
+ plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max])
+
if conf['legende']=="oui":
legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende'])
plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
- plt.grid(conf["grille"]=="oui")
+
fig.tight_layout()
- #warning("Jusque là ça marche",liste_err)
- return fig
\ No newline at end of file
+ debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err)
+ return fig
+
+
+
+
+######################################## Pour extrapoler la courbe
+
+def prolongecourbe(tableauOMS, dates, donnees, typecourbe, liste_err):
+ """ tableauOMS est le ableau des données OMS. dates et donnees sont les dates (jours)
+ et les données d'où on extrapole. On calcule toutes les dates comme des sauvages.
+ On renvoie la liste des jours totale et la liste des data_totales
+ (tableaux de jours)
+ typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
+ à l'indice 1
+ On renvoie [],[] si pas pu extrapoler. """
+ # les lignes OMS correspondant aux dates données
+ lignesoms = [tableauOMS[int(date)] for date in dates]
+ debug("prolongecourbe : Lignes OMS :"+str(lignesoms)+" valeur de données : "+str(donnees), liste_err)
+
+
+
+ # Principe : on cherche dans quel intervalle de "colonnes" on se situe.
+ # On va donc regarder pour chaque donnée entre quels i on se situe,et après
+ # prendre le plus grand intervalle.
+ # Numéros de colonnes d'où on part. Pour la fin c'est forcément longueur-1
+ if typecourbe == "P":
+ idep=4
+ else:
+ idep = 1
+
+ liste_indices = []
+ for k in range(len(dates)):
+ i= idep
+ ligne = lignesoms[k]
+ while i<len(ligne) and ligne[i]<donnees[k]:
+ i+=1
+ debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
+ if i>=len(ligne):
+ warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err)
+ return [],[]
+ if i==idep:
+ warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err)
+ return [],[]
+ liste_indices.append(i)
+ imin=min(liste_indices) -1
+ imax=max(liste_indices)
+ debug("Les données se situent dans les indices : "+str(imin)+", "+str(imax),liste_err)
+ # Maintenant on doit trouver les coeffs : on se situe en coeff * l[imin]+ (1-coeff)*ligne[imax]
+ # Et faire la moyenne de ces coeffs
+ total = 0
+ for k in range(len(dates)):
+ ligne = lignesoms[k]
+ donnee = donnees[k]
+ total += (donnee - ligne[imax])/(ligne[imin] - ligne[imax])
+ #print(k)
+ coeff_moyen = total/len(dates)
+
+ debug("Coeff moyen calculé : "+str(coeff_moyen), liste_err)
+
+ # On utilisera la même chose pour les nouvelle donnee
+
+ # extrapolations
+ nouvdates =oms.extraire_colonne(tableauOMS,0) # On sort tout.
+ #print(nouvdates)
+ nouvdonnees = []
+ for j in nouvdates:
+ ligne2 = tableauOMS[int(j)]
+ nouvdonnees.append(coeff_moyen*ligne2[imin]+ (1-coeff_moyen)*ligne2[imax])
+
+ return nouvdates,nouvdonnees
+
+
+def dessine_guides(t, data, couleur, unite, ax, liste_err):
+ """ dessine deux lignes, horizontales et verticales qui vont "vers" la courbe
+ jusqu'aux points (t, data). En pointillés et avec un point dessus."""
+ debug("Début de dessine_guides"+str(t)+", "+str(data), liste_err)
+ t_conv = u.convertitunite(t,unite,liste_err)
+ ax.vlines(t_conv, 0, data, colors=couleur, linestyles="dashed")
+ ax.hlines(data, 0, t_conv, color=couleur, linestyles="dashed")
+ ax.plot([t_conv], [data], color=couleur, marker="*", ms=13)
projects / perso / Denise / oms.git / blobdiff