#!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- from configuration import CONFIG import gestionOMS as oms import gestion_unites as u from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python from gestion_erreurs import debug, erreur, warning from numpy import arange import matplotlib.pyplot as plt # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données (donc pas forcément du poids) typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"] liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs)) Renvoie la figure tracée""" debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err) try: liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) except: erreur("bug avec liste data labels",liste_err) return "" ######################## Gestion des bornes ############################# # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ? if conf["maxi"] ==0: # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) else: jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1 else: jour_maxi = conf["maxi"]+1 # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err) ##################### Gestion des unités ############################### # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": unite = u.choix_unite(jour_maxi) debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) elif conf["unite"] != "": unite = conf["unite"] else: unite = conf["non_sauve"]["unite"] ##################### Gestion de la prématurité #######################" prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) ## Gestion des prémas, deux cas : # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma # à toutes les données. # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": l_jours = [j-prema for j in l_jours] jour_maxi = jour_maxi - prema ###################### Conversion des unités ###########################"" l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) #####################" Courbes OMS et titre ######################################" titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" if conf["typecourbe"] == "P": # percentiles liste_data_labels = liste_data_labels_p if conf["sexe"] == "M": fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon titre += " (percentiles, garçon)" elif conf["sexe"] == "F": fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"] titre += " (percentiles, fille)" else: fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"] titre += " (percentiles)" elif conf["typecourbe"] == "Z": liste_data_labels = liste_data_labels_z if conf["sexe"] == "M": fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"] titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)" elif conf["sexe"] == "F": fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"] titre += " (moyenne et écarts-types, fille)" else: fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"] titre += " (moyenne et écarts-types)" else: erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err) return "" # Si y'a un nom on met "courbe de machin" if conf["nom"] !="": titre += " de " +conf["nom"] if prema>0: titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] if conf["agecorrige"] == "oui": titre+=" (courbe en âge corrigé)" else: titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues try: t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms) except: erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err) return "" debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err) try: coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": coljour = [j + prema for j in coljour] coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) except: erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) return "" ##################### Création de la figure et du graphique ################### debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) #### La figure, params fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"]) plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"] plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"] plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"] plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] ax = plt.axes() ###################### Tracé des différentes courbes #Tracé des courbes OMS for (i,label,couleur) in liste_data_labels: ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) ### Tracé pour de bon if l_jours != []: ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) #### extrapolatios éventuelles #print("prolongercourbes" in conf) if conf["prolongercourbes"] == "oui": #print("coucou") # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire date_fin = int(l_jours[-1]) dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi)) donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err) #print("données extrapolées !") dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) # tracé des données extrapolées plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) else: debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) ###################" Gestion de l'échelle ##################### debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err) ### échelle à régler # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] # poids max OMS poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) if l_jours != []: poids_min = min(min(l_poids),poids_min) # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau i = 0 while i0: echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1]) else: echellemineure = [] ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False) ax.set_yticks(echellemineure, minor=True) # échelle en temps pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi) debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err) echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0]) if pas[1] >0: echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1]) else: echellemineure = [] ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False) ax.set_xticks(echellemineure, minor=True) ################################# Aspect du graphique debug("On commende la déco du graphique", liste_err) # La grille ax.grid(conf["grille"]=="oui") ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--") plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) #print("bla") plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) #print("ble") if l_jours_conv == []: plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max]) else: plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max]) #print("bli") if conf['legende']=="oui": legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende']) plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) fig.tight_layout() debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err) return fig ######################################## Pour extrapoler la courbe def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err): """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours) et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate (tableaux de jours) typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z à l'indice 1 On renvoie [] si pas pu extrapoler. """ # la ligne OMS ligneoms = tableauOMS[date] debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err) # On cherche dans quel intervalle on se situe if typecourbe == "P": idep=4 else: idep = 1 i = idep while i=len(ligneoms): warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) return [] if i==idep: warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) return [] # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i] # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i]) # extrapolations nouvdonnees = [] for j in nouvdates: ligne2 = tableauOMS[j] nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i]) return nouvdonnees