trace_courbe.py

   1 #!/usr/bin/env python3
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 from configuration import CONFIG
   4 from gestionOMS import *
   5 from gestion_unites import *
   6 from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python
   7
   8 import matplotlib.pyplot as plt
   9
  10 # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe
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  13 def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err):
  14     debug("debut de cree_figure",liste_err)
  15     try:
  16         liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
  17     except:
  18         erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
  19         return ""
  20
  21     # maxi saisi par l'utilisateur ?
  22     if conf["maxi"] ==0:
  23         # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
  24         print(conf)
  25         print(conf["non_sauve"])
  26         if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
  27             jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
  28         else:
  29             jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1
  30     else:
  31         jour_maxi = conf["maxi"]+1
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  34     # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
  35     jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
  36     debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err)
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  38     # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
  39     if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
  40         unite = choix_unite(jour_maxi)
  41         debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
  42     elif conf["unite"] != "":
  43         unite = conf["unite"]
  44     else:
  45         unite = conf["non_sauve"]["unite"]
  46
  47     #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err)
  48     prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
  49     ## Gestion des prémas, deux cas :
  50     # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
  51     # à toutes les données.
  52     # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
  53
  54     debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
  55
  56     if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
  57         l_jours = [j-prema for j in l_jours]
  58         jour_maxi = jour_maxi - prema
  59 #        debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err)
  60
  61     l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
  62     # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
  63     age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
  64
  65     debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
  66
  67     titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
  68
  69     if conf["typecourbe"] == "P":
  70         # percentiles
  71         liste_data_labels = liste_data_labels_p
  72         if conf["sexe"] == "M":
  73             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
  74             titre  += " (percentiles, garçon)"
  75         elif conf["sexe"] == "F":
  76             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"]
  77             titre += " (percentiles, fille)"
  78         else:
  79             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"]
  80             titre += " (percentiles)"
  81     elif conf["typecourbe"] == "Z":
  82         liste_data_labels = liste_data_labels_z
  83         if conf["sexe"] == "M":
  84             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"]
  85             titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)"
  86         elif conf["sexe"] == "F":
  87             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"]
  88             titre += " (moyenne et écarts-types, fille)"
  89         else:
  90             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"]
  91             titre += " (moyenne et écarts-types)"
  92     else:
  93         erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
  94         return ""
  95
  96     # Si y'a un nom on met "courbe de machin"
  97     if conf["nom"] !="":
  98         titre += " de " +conf["nom"]
  99
 100
 101     if prema>0:
 102         titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
 103         if conf["agecorrige"] == "oui":
 104             titre+=" (courbe en âge corrigé)"
 105         else:
 106             titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
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 108     debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
 109     debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
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 113     # convertir les unités
 114     #### Partie code OMS
 115     #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
 116     try:
 117         t = lire_fichier_csv(fichier_oms)
 118     except:
 119         liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms)
 120         return ""
 121
 122     debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err)
 123     try:
 124         coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
 125         if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
 126             coljour = [j + prema for j in coljour]
 127         coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
 128     except:
 129         erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
 130         return ""
 131
 132     debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
 133     #### La figure, params
 134
 135     fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"])
 136     plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"]
 137     plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"]
 138     plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
 139     plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
 140     plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"]
 141     plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
 142
 143     #Tracé des courbes OMS
 144     for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
 145         plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
 146         #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err)
 147
 148     debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
 149
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 151     ##### Tracé des courbes OMS fini
 152
 153     # On extrait la valeur min et la valeur max des poids
 154     (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
 155     (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
 156
 157     debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err)
 158
 159     poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
 160     poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
 161     if l_jours != []:
 162         poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
 163         poids_max = max(max(l_poids),poids_max)
 164     # On ajuste un peu ces min et max
 165     # min : valeur min -1kg
 166     poids_min = max(0,poids_min-1)
 167     #max : +5%
 168     poids_max = poids_max * 1.05
 169
 170
 171     debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err)
 172
 173     ### Tracé pour de bon
 174     if l_jours != []:
 175         plt.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
 176         debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err)
 177
 178         #### extrapolatios éventuelles
 179         #print("prolongercourbes" in conf)
 180         if conf["prolongercourbes"] == "oui":
 181             #print("coucou")
 182             # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire
 183             date_fin = int(l_jours[-1])
 184             dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi))
 185             donnees_extrapole =  prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err)
 186             #print("données extrapolées !")
 187             dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
 188
 189             # tracé des données extrapolées
 190             plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
 191
 192     else:
 193         debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
 194
 195     plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 196     plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 197     #print("bla")
 198     plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 199     #print("ble")
 200     if l_jours_conv == []:
 201         plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max])
 202     else:
 203         plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max])
 204     #print("bli")
 205
 206
 207     if conf['legende']=="oui":
 208         legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende'])
 209         plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 210     plt.grid(conf["grille"]=="oui")
 211
 212     fig.tight_layout()
 213
 214     debug("Fin de cree_figure", liste_err)
 215     return fig
 216
 217
 218
 219 def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err):
 220     """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours)
 221     et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate
 222     (tableaux de jours)
 223     typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
 224     à l'indice 1
 225     On renvoie [] si pas pu extrapoler. """
 226
 227     # la ligne OMS
 228     ligneoms = tableauOMS[date]
 229     debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err)
 230
 231
 232     # On cherche dans quel intervalle on se situe
 233     if typecourbe == "P":
 234         idep=4
 235     else:
 236         idep = 1
 237     i = idep
 238     while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee:
 239         i+=1
 240     debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
 241     if i>=len(ligneoms):
 242         warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err)
 243         return []
 244     if i==idep:
 245         warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err)
 246         return []
 247
 248     # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i]
 249     # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee
 250     #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1])
 251     coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i])
 252     #print("coeff : "+str(coeff))
 253
 254     # extrapolations
 255     nouvdonnees = []
 256     for j in nouvdates:
 257         ligne2 = tableauOMS[j]
 258         nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i])
 259
 260     return nouvdonnees