Possibilité de prolonger la courbe
[perso/Denise/oms.git] / trace_courbe.py
1 #!/usr/bin/env python3
2 # -*- coding: utf-8 -*-
3 from configuration import CONFIG
4 from gestionOMS import *
5 from gestion_unites import *
6 from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python
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8 import matplotlib.pyplot as plt
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10 # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe
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13 def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err):
14 debug("debut de cree_figure",liste_err)
15 try:
16 liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
17 except:
18 erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
19 return ""
20
21 # maxi saisi par l'utilisateur ?
22 if conf["maxi"] ==0:
23 # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
24 print(conf)
25 print(conf["non_sauve"])
26 if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
27 jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
28 else:
29 jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1
30 else:
31 jour_maxi = conf["maxi"]+1
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34 # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
35 jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
36 debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err)
37
38 # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
39 if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
40 unite = choix_unite(jour_maxi)
41 debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
42 elif conf["unite"] != "":
43 unite = conf["unite"]
44 else:
45 unite = conf["non_sauve"]["unite"]
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47 #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err)
48 prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
49 ## Gestion des prémas, deux cas :
50 # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
51 # à toutes les données.
52 # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
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54 debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
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56 if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
57 l_jours = [j-prema for j in l_jours]
58 jour_maxi = jour_maxi - prema
59 # debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err)
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61 l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
62 # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
63 age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
64
65 debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
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67 titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
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69 if conf["typecourbe"] == "P":
70 # percentiles
71 liste_data_labels = liste_data_labels_p
72 if conf["sexe"] == "M":
73 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
74 titre += " (percentiles, garçon)"
75 elif conf["sexe"] == "F":
76 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"]
77 titre += " (percentiles, fille)"
78 else:
79 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"]
80 titre += " (percentiles)"
81 elif conf["typecourbe"] == "Z":
82 liste_data_labels = liste_data_labels_z
83 if conf["sexe"] == "M":
84 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"]
85 titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)"
86 elif conf["sexe"] == "F":
87 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"]
88 titre += " (moyenne et écarts-types, fille)"
89 else:
90 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"]
91 titre += " (moyenne et écarts-types)"
92 else:
93 erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
94 return ""
95
96 # Si y'a un nom on met "courbe de machin"
97 if conf["nom"] !="":
98 titre += " de " +conf["nom"]
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101 if prema>0:
102 titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
103 if conf["agecorrige"] == "oui":
104 titre+=" (courbe en âge corrigé)"
105 else:
106 titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
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108 debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
109 debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
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113 # convertir les unités
114 #### Partie code OMS
115 #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
116 try:
117 t = lire_fichier_csv(fichier_oms)
118 except:
119 liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms)
120 return ""
121
122 debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err)
123 try:
124 coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
125 if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
126 coljour = [j + prema for j in coljour]
127 coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
128 except:
129 erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
130 return ""
131
132 debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
133 #### La figure, params
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135 fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"])
136 plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"]
137 plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"]
138 plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
139 plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
140 plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"]
141 plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
142
143 #Tracé des courbes OMS
144 for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
145 plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
146 #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err)
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148 debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
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151 ##### Tracé des courbes OMS fini
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153 # On extrait la valeur min et la valeur max des poids
154 (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
155 (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
156
157 debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err)
158
159 poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
160 poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
161 if l_jours != []:
162 poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
163 poids_max = max(max(l_poids),poids_max)
164 # On ajuste un peu ces min et max
165 # min : valeur min -1kg
166 poids_min = max(0,poids_min-1)
167 #max : +5%
168 poids_max = poids_max * 1.05
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171 debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err)
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173 ### Tracé pour de bon
174 if l_jours != []:
175 plt.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
176 debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err)
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178 #### extrapolatios éventuelles
179 #print("prolongercourbes" in conf)
180 if conf["prolongercourbes"] == "oui":
181 #print("coucou")
182 # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire
183 date_fin = int(l_jours[-1])
184 dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi))
185 donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err)
186 #print("données extrapolées !")
187 dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
188
189 # tracé des données extrapolées
190 plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
191
192 else:
193 debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
194
195 plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
196 plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
197 #print("bla")
198 plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
199 #print("ble")
200 if l_jours_conv == []:
201 plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max])
202 else:
203 plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max])
204 #print("bli")
205
206
207 if conf['legende']=="oui":
208 legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende'])
209 plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
210 plt.grid(conf["grille"]=="oui")
211
212 fig.tight_layout()
213
214 debug("Fin de cree_figure", liste_err)
215 return fig
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219 def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err):
220 """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours)
221 et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate
222 (tableaux de jours)
223 typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
224 à l'indice 1
225 On renvoie [] si pas pu extrapoler. """
226
227 # la ligne OMS
228 ligneoms = tableauOMS[date]
229 debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err)
230
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232 # On cherche dans quel intervalle on se situe
233 if typecourbe == "P":
234 idep=4
235 else:
236 idep = 1
237 i = idep
238 while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee:
239 i+=1
240 debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
241 if i>=len(ligneoms):
242 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err)
243 return []
244 if i==idep:
245 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err)
246 return []
247
248 # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i]
249 # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee
250 #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1])
251 coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i])
252 #print("coeff : "+str(coeff))
253
254 # extrapolations
255 nouvdonnees = []
256 for j in nouvdates:
257 ligne2 = tableauOMS[j]
258 nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i])
259
260 return nouvdonnees