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[perso/Denise/oms.git] / trace_courbe.py
1 #!/usr/bin/env python3
2 # -*- coding: utf-8 -*-
3 from configuration import CONFIG
4 import gestionOMS as oms
5 import gestion_unites as u
6 from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python
7 from gestion_erreurs import debug, erreur, warning
8 from numpy import arange
9
10 import matplotlib.pyplot as plt
11
12 # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe
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14
15 def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err):
16 """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données
17 (donc pas forcément du poids)
18 typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"]
19 liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs))
20 Renvoie la figure tracée"""
21 debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err)
22 try:
23 liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
24 except:
25 erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
26 return ""
27
28 ######################## Gestion des bornes #############################
29 # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ?
30 if conf["maxi"] ==0:
31 # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
32 if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
33 jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
34 else:
35 jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1
36 else:
37 jour_maxi = conf["maxi"]+1
38
39 # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
40 jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
41 debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err)
42
43 ##################### Gestion des unités ###############################
44 # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
45 if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
46 unite = u.choix_unite(jour_maxi)
47 debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
48 elif conf["unite"] != "":
49 unite = conf["unite"]
50 else:
51 unite = conf["non_sauve"]["unite"]
52
53 ##################### Gestion de la prématurité #######################"
54 prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
55 ## Gestion des prémas, deux cas :
56 # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
57 # à toutes les données.
58 # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
59 debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
60 if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
61 l_jours = [j-prema for j in l_jours]
62 jour_maxi = jour_maxi - prema
63
64
65 ###################### Conversion des unités ###########################""
66 l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
67 # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
68 age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
69
70 debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
71
72 #####################" Courbes OMS et titre ######################################"
73 titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
74 if conf["typecourbe"] == "P":
75 # percentiles
76 liste_data_labels = liste_data_labels_p
77 if conf["sexe"] == "M":
78 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
79 titre += " (percentiles, garçon)"
80 elif conf["sexe"] == "F":
81 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"]
82 titre += " (percentiles, fille)"
83 else:
84 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"]
85 titre += " (percentiles)"
86 elif conf["typecourbe"] == "Z":
87 liste_data_labels = liste_data_labels_z
88 if conf["sexe"] == "M":
89 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"]
90 titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)"
91 elif conf["sexe"] == "F":
92 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"]
93 titre += " (moyenne et écarts-types, fille)"
94 else:
95 fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"]
96 titre += " (moyenne et écarts-types)"
97 else:
98 erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
99 return ""
100
101 # Si y'a un nom on met "courbe de machin"
102 if conf["nom"] !="":
103 titre += " de " +conf["nom"]
104
105 if prema>0:
106 titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
107 if conf["agecorrige"] == "oui":
108 titre+=" (courbe en âge corrigé)"
109 else:
110 titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
111
112 #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
113 debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
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116 #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
117 try:
118 t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms)
119 except:
120 erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err)
121 return ""
122
123 debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err)
124 try:
125 coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
126 if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
127 coljour = [j + prema for j in coljour]
128 coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
129 except:
130 erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
131 return ""
132
133 ##################### Création de la figure et du graphique ###################
134 debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
135 #### La figure, params
136
137 fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"])
138 plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"]
139 plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"]
140 plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
141 plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
142 plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"]
143 plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
144 ax = plt.axes()
145
146 ###################### Tracé des différentes courbes
147 #Tracé des courbes OMS
148 for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
149 ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
150
151 debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
152
153 ### Tracé pour de bon
154 if l_jours != []:
155 ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
156 debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err)
157
158 #### extrapolatios éventuelles
159 #print("prolongercourbes" in conf)
160 if conf["prolongercourbes"] == "oui":
161 #print("coucou")
162 # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire
163 date_fin = int(l_jours[-1])
164 dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi))
165 donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err)
166 #print("données extrapolées !")
167 dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
168
169 # tracé des données extrapolées
170 plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
171 debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err)
172
173 else:
174 debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
175
176 ###################" Gestion de l'échelle #####################
177 debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err)
178 ### échelle à régler
179
180 # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données
181 (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
182 (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
183
184 # poids max OMS
185 poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
186 poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
187 if l_jours != []:
188 poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
189 # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau
190 i = 0
191 while i<len(l_jours) and l_jours[i]<jour_maxi:
192 i=i+1
193 poids_max = max(max(l_poids[0:i+1]),poids_max)
194 # On ajuste un peu ces min et max
195 # min : valeur min -1kg
196 poids_min = max(0,poids_min-1)
197 #max : +5%
198 poids_max = poids_max * 1.05
199
200
201 # Grille custom ?
202 if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui":
203 debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err)
204 pas=u.choix_echelle_data(typedonnee, poids_max)
205 # data_min_arrondie
206 minechelle = int(poids_min/pas[0])*pas[0]
207
208 debug("pas choisis pour l'échelle en y : "+str(pas), liste_err)
209 echellemajeure = arange(minechelle, poids_max, pas[0])
210
211 if pas[1] >0:
212 echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1])
213 else:
214 echellemineure = []
215
216 ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False)
217 ax.set_yticks(echellemineure, minor=True)
218
219 # échelle en temps
220 pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi)
221 debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err)
222
223 echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0])
224 if pas[1] >0:
225 echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1])
226 else:
227 echellemineure = []
228 ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False)
229 ax.set_xticks(echellemineure, minor=True)
230
231 ################################# Aspect du graphique
232
233 debug("On commende la déco du graphique", liste_err)
234
235 # La grille
236 ax.grid(conf["grille"]=="oui")
237 ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--")
238
239
240 plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
241 plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
242 #print("bla")
243 plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
244 #print("ble")
245 if l_jours_conv == []:
246 plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max])
247 else:
248 plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max])
249 #print("bli")
250
251
252 if conf['legende']=="oui":
253 legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende'])
254 plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
255
256
257 fig.tight_layout()
258
259 debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err)
260 return fig
261
262
263
264
265 ######################################## Pour extrapoler la courbe
266
267 def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err):
268 """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours)
269 et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate
270 (tableaux de jours)
271 typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
272 à l'indice 1
273 On renvoie [] si pas pu extrapoler. """
274
275 # la ligne OMS
276 ligneoms = tableauOMS[date]
277 debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err)
278
279
280 # On cherche dans quel intervalle on se situe
281 if typecourbe == "P":
282 idep=4
283 else:
284 idep = 1
285 i = idep
286 while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee:
287 i+=1
288 debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
289 if i>=len(ligneoms):
290 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err)
291 return []
292 if i==idep:
293 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err)
294 return []
295
296 # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i]
297 # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee
298 coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i])
299
300 # extrapolations
301 nouvdonnees = []
302 for j in nouvdates:
303 ligne2 = tableauOMS[j]
304 nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i])
305
306 return nouvdonnees