trace_courbe.py

   1 #!/usr/bin/env python3
   2 # -*- coding: utf-8 -*-
   3 from configuration import CONFIG
   4 import gestionOMS as oms
   5 import gestion_unites as u
   6 from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python
   7 from gestion_erreurs import debug, erreur, warning
   8 from numpy import arange
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  10 import matplotlib.pyplot as plt
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  12 # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe
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  14
  15 def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err):
  16     """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données
  17     (donc pas forcément du poids)
  18     typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"]
  19     liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs))
  20     Renvoie la figure tracée"""
  21     debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err)
  22     try:
  23         liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err)
  24     except:
  25         erreur("bug avec liste data labels",liste_err)
  26         return ""
  27
  28     ######################## Gestion des bornes #############################
  29     # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ?
  30     if conf["maxi"] ==0:
  31         # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
  32         if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
  33             jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours)
  34         else:
  35             jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1
  36     else:
  37         jour_maxi = conf["maxi"]+1
  38
  39     # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
  40     jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"]))
  41     debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err)
  42
  43     ##################### Gestion des unités ###############################
  44     # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
  45     if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "":
  46         unite = u.choix_unite(jour_maxi)
  47         debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err)
  48     elif conf["unite"] != "":
  49         unite = conf["unite"]
  50     else:
  51         unite = conf["non_sauve"]["unite"]
  52
  53     ##################### Gestion de la prématurité #######################"
  54     prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err))
  55     ## Gestion des prémas, deux cas :
  56     # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
  57     # à toutes les données.
  58     # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
  59     debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err)
  60     if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui":
  61         l_jours = [j-prema for j in l_jours]
  62         jour_maxi = jour_maxi - prema
  63
  64
  65     ###################### Conversion des unités ###########################""
  66     l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err)
  67     # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
  68     age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err)
  69
  70     debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err)
  71
  72     #####################" Courbes OMS  et titre ######################################"
  73     titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS"
  74     if conf["typecourbe"] == "P":
  75         # percentiles
  76         liste_data_labels = liste_data_labels_p
  77         if conf["sexe"] == "M":
  78             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
  79             titre  += " (percentiles, garçon)"
  80         elif conf["sexe"] == "F":
  81             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"]
  82             titre += " (percentiles, fille)"
  83         else:
  84             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"]
  85             titre += " (percentiles)"
  86     elif conf["typecourbe"] == "Z":
  87         liste_data_labels = liste_data_labels_z
  88         if conf["sexe"] == "M":
  89             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"]
  90             titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)"
  91         elif conf["sexe"] == "F":
  92             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"]
  93             titre += " (moyenne et écarts-types, fille)"
  94         else:
  95             fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"]
  96             titre += " (moyenne et écarts-types)"
  97     else:
  98         erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err)
  99         return ""
 100
 101     # Si y'a un nom on met "courbe de machin"
 102     if conf["nom"] !="":
 103         titre += " de " +conf["nom"]
 104
 105     if prema>0:
 106         titre+= ", préma de "+conf["prematurite"]
 107         if conf["agecorrige"] == "oui":
 108             titre+=" (courbe en âge corrigé)"
 109         else:
 110             titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
 111
 112     #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
 113     debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err)
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 115
 116     #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
 117     try:
 118         t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms)
 119     except:
 120         erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err)
 121         return ""
 122
 123     debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err)
 124     try:
 125         coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi))
 126         if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui":
 127             coljour = [j + prema for j in coljour]
 128         coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err)
 129     except:
 130         erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err)
 131         return ""
 132
 133     ##################### Création de la figure et du graphique ###################
 134     debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err)
 135     #### La figure, params
 136
 137     fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"])
 138     plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"]
 139     plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"]
 140     plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
 141     plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"]
 142     plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"]
 143     plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"]
 144     ax = plt.axes()
 145
 146     ###################### Tracé des différentes courbes
 147     #Tracé des courbes OMS
 148     for (i,label,couleur) in liste_data_labels:
 149         ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur)
 150
 151     debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err)
 152
 153     ### Tracé pour de bon
 154     if l_jours != []:
 155         ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o')
 156         debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err)
 157
 158         #### extrapolatios éventuelles
 159         #print("prolongercourbes" in conf)
 160         if conf["prolongercourbes"] == "oui":
 161             #print("coucou")
 162             # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire
 163             date_fin = int(l_jours[-1])
 164             dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi))
 165             donnees_extrapole =  prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err)
 166             #print("données extrapolées !")
 167             dates_extrapole = u.convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err)
 168
 169             # tracé des données extrapolées
 170             plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None)
 171             debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err)
 172
 173     else:
 174         debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err)
 175
 176     ###################" Gestion de l'échelle #####################
 177     debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err)
 178     ### échelle à régler
 179
 180     # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données
 181     (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1]
 182     (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0]
 183
 184     # poids max OMS
 185     poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi))
 186     poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi))
 187     if l_jours != []:
 188         poids_min = min(min(l_poids),poids_min)
 189         # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau
 190         i = 0
 191         while i<len(l_jours) and l_jours[i]<jour_maxi:
 192             i=i+1
 193         poids_max = max(max(l_poids[0:i+1]),poids_max)
 194     # On ajuste un peu ces min et max
 195     # min : valeur min -1kg
 196     poids_min = max(0,poids_min-1)
 197     #max : +5%
 198     poids_max = poids_max * 1.05
 199
 200
 201     # Grille custom ?
 202     if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui":
 203         debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err)
 204         pas=u.choix_echelle_data(typedonnee, poids_max)
 205         # data_min_arrondie
 206         minechelle = int(poids_min/pas[0])*pas[0]
 207
 208         debug("pas choisis pour l'échelle en y : "+str(pas), liste_err)
 209         echellemajeure = arange(minechelle, poids_max, pas[0])
 210
 211         if pas[1] >0:
 212             echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1])
 213         else:
 214             echellemineure = []
 215
 216         ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False)
 217         ax.set_yticks(echellemineure, minor=True)
 218
 219         # échelle en temps
 220         pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi)
 221         debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err)
 222
 223         echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0])
 224         if pas[1] >0:
 225             echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1])
 226         else:
 227             echellemineure = []
 228         ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False)
 229         ax.set_xticks(echellemineure, minor=True)
 230
 231     ################################# Aspect du graphique
 232
 233     debug("On commende la déco du graphique", liste_err)
 234
 235     # La grille
 236     ax.grid(conf["grille"]=="oui")
 237     ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--")
 238
 239
 240     plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 241     plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 242     #print("bla")
 243     plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 244     #print("ble")
 245     if l_jours_conv == []:
 246         plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max])
 247     else:
 248         plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max])
 249     #print("bli")
 250
 251
 252     if conf['legende']=="oui":
 253         legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende'])
 254         plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"])
 255
 256
 257     fig.tight_layout()
 258
 259     debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err)
 260     return fig
 261
 262
 263
 264
 265 ######################################## Pour extrapoler la courbe
 266
 267 def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err):
 268     """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours)
 269     et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate
 270     (tableaux de jours)
 271     typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
 272     à l'indice 1
 273     On renvoie [] si pas pu extrapoler. """
 274
 275     # la ligne OMS
 276     ligneoms = tableauOMS[date]
 277     debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err)
 278
 279
 280     # On cherche dans quel intervalle on se situe
 281     if typecourbe == "P":
 282         idep=4
 283     else:
 284         idep = 1
 285     i = idep
 286     while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee:
 287         i+=1
 288     debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err)
 289     if i>=len(ligneoms):
 290         warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err)
 291         return []
 292     if i==idep:
 293         warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err)
 294         return []
 295
 296     # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i]
 297     # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee
 298     coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i])
 299
 300     # extrapolations
 301     nouvdonnees = []
 302     for j in nouvdates:
 303         ligne2 = tableauOMS[j]
 304         nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i])
 305
 306     return nouvdonnees