]>
Commit | Line | Data |
---|---|---|
1 | #!/usr/bin/env python3 | |
2 | # -*- coding: utf-8 -*- | |
3 | from configuration import CONFIG | |
4 | import gestionOMS as oms | |
5 | import gestion_unites as u | |
6 | from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python | |
7 | from gestion_erreurs import debug, erreur, warning | |
8 | from calculs_extrapole import calcule_donnee_extrapolee, calcule_age_extrapole, interpole_lineaire, interpole_lineaire_ordonnee, formate_resultat_donnee, formate_resultat_age, formate_interpole, formate_extrapole | |
9 | ||
10 | from numpy import arange | |
11 | ||
12 | ||
13 | import matplotlib.pyplot as plt | |
14 | ||
15 | # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe, mais on y trouve également les fonctions d'extrapolation. | |
16 | # Ainsi que les calculs additionnels. | |
17 | ||
18 | ||
19 | def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_extracalculs, liste_err): | |
20 | """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données | |
21 | (donc pas forcément du poids) | |
22 | typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"] | |
23 | liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs)) | |
24 | Renvoie la figure tracée, et les calculs additionnels sont mis sous forme de chaîne dans la liste | |
25 | liste_extracalculs""" | |
26 | debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf),liste_err) | |
27 | try: | |
28 | liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = oms.renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) | |
29 | except: | |
30 | erreur("bug avec liste data labels",liste_err) | |
31 | return "" | |
32 | ||
33 | ######################## Gestion des bornes ############################# | |
34 | # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ? | |
35 | if conf["maxi"] ==0: | |
36 | # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? | |
37 | if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: | |
38 | jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) | |
39 | else: | |
40 | jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1 | |
41 | else: | |
42 | jour_maxi = conf["maxi"]+1 | |
43 | ||
44 | # Si on cherche à extrapoler au-delà | |
45 | if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee and conf["non_sauve"]["calculextradata_age"]>jour_maxi: | |
46 | jour_maxi = int(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"]) +1 | |
47 | ||
48 | # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes | |
49 | jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) | |
50 | debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi),liste_err) | |
51 | ||
52 | ##################### Gestion des unités ############################### | |
53 | # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur | |
54 | if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": | |
55 | unite = u.choix_unite(jour_maxi) | |
56 | debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) | |
57 | elif conf["unite"] != "": | |
58 | unite = conf["unite"] | |
59 | else: | |
60 | unite = conf["non_sauve"]["unite"] | |
61 | ||
62 | ##################### Gestion de la prématurité #######################" | |
63 | prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) | |
64 | ## Gestion des prémas, deux cas : | |
65 | # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma | |
66 | # à toutes les données. | |
67 | # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. | |
68 | debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) | |
69 | if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": | |
70 | l_jours = [j-prema for j in l_jours] | |
71 | jour_maxi = jour_maxi - prema | |
72 | ||
73 | ||
74 | ###################### Conversion des unités ###########################"" | |
75 | l_jours_conv = u.convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) | |
76 | # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... | |
77 | age_maxi = u.convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) | |
78 | ||
79 | debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) | |
80 | ||
81 | #####################" Courbes OMS et titre ######################################" | |
82 | titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" | |
83 | if conf["typecourbe"] == "P": | |
84 | # percentiles | |
85 | liste_data_labels = liste_data_labels_p | |
86 | if conf["sexe"] == "M": | |
87 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon | |
88 | titre += " (percentiles, garçon)" | |
89 | elif conf["sexe"] == "F": | |
90 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"] | |
91 | titre += " (percentiles, fille)" | |
92 | else: | |
93 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"] | |
94 | titre += " (percentiles)" | |
95 | elif conf["typecourbe"] == "Z": | |
96 | liste_data_labels = liste_data_labels_z | |
97 | if conf["sexe"] == "M": | |
98 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"] | |
99 | titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)" | |
100 | elif conf["sexe"] == "F": | |
101 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"] | |
102 | titre += " (moyenne et écarts-types, fille)" | |
103 | else: | |
104 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"] | |
105 | titre += " (moyenne et écarts-types)" | |
106 | else: | |
107 | erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err) | |
108 | return "" | |
109 | ||
110 | # Si y'a un nom on met "courbe de machin" | |
111 | if conf["nom"] !="": | |
112 | titre += " de " +conf["nom"] | |
113 | ||
114 | if prema>0: | |
115 | titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] | |
116 | if conf["agecorrige"] == "oui": | |
117 | titre+=" (courbe en âge corrigé)" | |
118 | else: | |
119 | titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" | |
120 | ||
121 | #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) | |
122 | debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) | |
123 | ||
124 | ||
125 | #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues | |
126 | try: | |
127 | t = oms.lire_fichier_csv(fichier_oms) | |
128 | except: | |
129 | erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms, liste_err) | |
130 | return "" | |
131 | ||
132 | debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err) | |
133 | try: | |
134 | coljour= (oms.extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) | |
135 | if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": | |
136 | coljour = [j + prema for j in coljour] | |
137 | coljour = u.convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) | |
138 | except: | |
139 | erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) | |
140 | return "" | |
141 | ||
142 | ##################### Création de la figure et du graphique ################### | |
143 | debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) | |
144 | #### La figure, params | |
145 | ||
146 | fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"]) | |
147 | plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"] | |
148 | plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
149 | plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
150 | plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
151 | plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"] | |
152 | plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] | |
153 | ax = plt.axes() | |
154 | ||
155 | ###################### Tracé des différentes courbes | |
156 | #Tracé des courbes OMS | |
157 | for (i,label,couleur) in liste_data_labels: | |
158 | ax.plot(coljour,oms.extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) | |
159 | ||
160 | debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) | |
161 | ||
162 | ### Tracé pour de bon | |
163 | if l_jours != []: | |
164 | ax.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') | |
165 | debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) | |
166 | ||
167 | #### extrapolatios éventuelles | |
168 | # a-t-on demndé des calculs ? | |
169 | jextrapole = conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui" | |
170 | # Est-ce qu'on a demandé un calcul sur cette donnée ? | |
171 | print() | |
172 | for calextra in CONFIG["extradata"]: | |
173 | jextrapole = jextrapole or conf["non_sauve"][calextra+"_type"] == typedonnee | |
174 | ||
175 | #print(jextrapole) | |
176 | ############################## Là où on extrapole ################################ | |
177 | if jextrapole: | |
178 | try: | |
179 | debug("Il faut extrapoler les courbes !", liste_err) | |
180 | # Prendre l'ensemble des dates "source" | |
181 | # print(conf["non_sauve"]["nbdataextra"]) | |
182 | if conf["non_sauve"]["nbextradata"] == 0: | |
183 | sources_extrap = l_jours | |
184 | sources_extrap_data = l_poids | |
185 | else: | |
186 | sources_extrap = l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] # les derniers jours | |
187 | sources_extrap_data = l_poids[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]:] | |
188 | ||
189 | debug("On extrapole sur les jours : "+str(sources_extrap), liste_err) | |
190 | ||
191 | # On récupère toutes les données extrapolées | |
192 | dates_extrapole, donnees_extrapole = prolongecourbe(t, sources_extrap, sources_extrap_data, conf["typecourbe"], liste_err) | |
193 | debug("données extrapolées !", liste_err) | |
194 | #debug(str(dates_extrapole[0:10])+str(donnees_extrapole[0:10]), liste_err) | |
195 | ||
196 | # QUe veut-on maintenant sur ces données extrapolées ? | |
197 | # Afficher la courbe | |
198 | if conf["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui": | |
199 | # On va prendre les extrapolations de la dernière donnée jusqu'à l fin du graphe | |
200 | debut_extr = int(l_jours[-conf["non_sauve"]["nbextradata"]]) | |
201 | i_debut_extr = dates_extrapole.index(debut_extr) | |
202 | i_fin_extr = dates_extrapole.index(jour_maxi) | |
203 | # Voilà ce qu'on veut tracer | |
204 | dates_extrapole_trace = dates_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1] | |
205 | donnees_extrapole_trace = donnees_extrapole[i_debut_extr:i_fin_extr+1] | |
206 | dates_extrapole_trace = u.convertit_tableau(dates_extrapole_trace,unite,liste_err) | |
207 | ||
208 | # tracé des données extrapolées | |
209 | plt.plot(dates_extrapole_trace, donnees_extrapole_trace,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) | |
210 | debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err) | |
211 | ||
212 | ### Calculer une donnée à l'âge x | |
213 | if conf["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee: | |
214 | # On essaie l'interpolation | |
215 | r = interpole_lineaire(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err) | |
216 | if r==-1: | |
217 | # ça sera donc une extrapolation | |
218 | r = calcule_donnee_extrapolee(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], liste_err) | |
219 | message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"]) | |
220 | # if == 0: | |
221 | # message+="l'ensemble des données" | |
222 | # else: | |
223 | # message+="les "+str(conf["non_sauve"]["nbextradata"])+" dernière"+met_s(conf["non_sauve"]["nbextradata"])+" données" | |
224 | else: | |
225 | message=formate_interpole() | |
226 | ||
227 | texte = formate_resultat_donnee(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], r, typedonnee, message, liste_err) | |
228 | debug("calcul de la donnée extrapolée : "+texte, liste_err) | |
229 | if texte!="": | |
230 | liste_extracalculs.append(texte) | |
231 | print(liste_extracalculs) | |
232 | # Ajouter le trait ? | |
233 | if conf["non_sauve"]["calculextradata_trace"] == "oui": | |
234 | dessine_guides(conf["non_sauve"]["calculextradata_age"], r, conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err) | |
235 | ||
236 | ### Calculer un âge où on atteint cette donnée | |
237 | if conf["non_sauve"]["calculextratemps_type"] == typedonnee: | |
238 | # interpolation | |
239 | r = interpole_lineaire_ordonnee(l_jours,l_poids,conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err) | |
240 | if r==-1: | |
241 | # ça sera donc une extrapolation | |
242 | r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], liste_err) | |
243 | message=formate_extrapole(conf["non_sauve"]["nbextradata"]) | |
244 | else: | |
245 | message=formate_interpole() | |
246 | ||
247 | texte = formate_resultat_age(r, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, message, liste_err) | |
248 | ||
249 | #r = calcule_age_extrapole(dates_extrapole, donnees_extrapole, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee, liste_err) | |
250 | if texte!="": | |
251 | liste_extracalculs.append(texte) | |
252 | print(liste_extracalculs) | |
253 | # Ajouter le trait ? | |
254 | if conf["non_sauve"]["calculextratemps_trace"]: | |
255 | dessine_guides(r, conf["non_sauve"]["calculextratemps_val"], conf["couleurs"]["cadretxt"], unite, ax, liste_err) | |
256 | ||
257 | except: | |
258 | warning("Des problèmes pour extrapoler...", liste_err) | |
259 | ||
260 | else: | |
261 | debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) | |
262 | ||
263 | ###################" Gestion de l'échelle ##################### | |
264 | debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err) | |
265 | ### échelle à régler | |
266 | ||
267 | # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données | |
268 | (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] | |
269 | (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] | |
270 | ||
271 | # poids max OMS | |
272 | poids_min = min(oms.extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) | |
273 | poids_max = max(oms.extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) | |
274 | if l_jours != []: | |
275 | poids_min = min(min(l_poids),poids_min) | |
276 | # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau | |
277 | i = 0 | |
278 | while i<len(l_jours) and l_jours[i]<jour_maxi: | |
279 | i=i+1 | |
280 | poids_max = max(max(l_poids[0:i+1]),poids_max) | |
281 | # On ajuste un peu ces min et max | |
282 | # min : valeur min -1kg | |
283 | poids_min = max(0,poids_min-1) | |
284 | #max : +5% | |
285 | poids_max = poids_max * 1.05 | |
286 | ||
287 | ||
288 | # Grille custom ? | |
289 | if conf["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui": | |
290 | debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err) | |
291 | pas=u.choix_echelle_data(typedonnee, poids_max) | |
292 | # data_min_arrondie | |
293 | minechelle = int(poids_min/pas[0])*pas[0] | |
294 | ||
295 | debug("pas choisis pour l'échelle en y : "+str(pas), liste_err) | |
296 | echellemajeure = arange(minechelle, poids_max, pas[0]) | |
297 | ||
298 | if pas[1] >0: | |
299 | echellemineure = arange(minechelle, poids_max, pas[1]) | |
300 | else: | |
301 | echellemineure = [] | |
302 | ||
303 | ax.set_yticks(echellemajeure, minor=False) | |
304 | ax.set_yticks(echellemineure, minor=True) | |
305 | ||
306 | # échelle en temps | |
307 | pas=u.choix_echelle_temps(unite, age_maxi) | |
308 | debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas), liste_err) | |
309 | ||
310 | echellemajeure = arange(0,age_maxi, pas[0]) | |
311 | if pas[1] >0: | |
312 | echellemineure = arange(0,age_maxi, pas[1]) | |
313 | else: | |
314 | echellemineure = [] | |
315 | ax.set_xticks(echellemajeure, minor=False) | |
316 | ax.set_xticks(echellemineure, minor=True) | |
317 | ||
318 | ################################# Aspect du graphique | |
319 | ||
320 | debug("On commende la déco du graphique", liste_err) | |
321 | ||
322 | # La grille | |
323 | ax.grid(conf["grille"]=="oui") | |
324 | ax.grid(conf["grille"] == "oui", which="minor", linestyle="--") | |
325 | ||
326 | ||
327 | plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) | |
328 | plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) | |
329 | plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) | |
330 | if l_jours_conv == []: | |
331 | plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max]) | |
332 | else: | |
333 | plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max]) | |
334 | ||
335 | ||
336 | if conf['legende']=="oui": | |
337 | legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende']) | |
338 | plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) | |
339 | ||
340 | ||
341 | fig.tight_layout() | |
342 | ||
343 | debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err) | |
344 | return fig | |
345 | ||
346 | ||
347 | ||
348 | ||
349 | ######################################## Pour extrapoler la courbe | |
350 | ||
351 | def prolongecourbe(tableauOMS, dates, donnees, typecourbe, liste_err): | |
352 | """ tableauOMS est le ableau des données OMS. dates et donnees sont les dates (jours) | |
353 | et les données d'où on extrapole. On calcule toutes les dates comme des sauvages. | |
354 | On renvoie la liste des jours totale et la liste des data_totales | |
355 | (tableaux de jours) | |
356 | typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z | |
357 | à l'indice 1 | |
358 | On renvoie [],[] si pas pu extrapoler. """ | |
359 | # les lignes OMS correspondant aux dates données | |
360 | lignesoms = [tableauOMS[int(date)] for date in dates] | |
361 | debug("prolongecourbe : Lignes OMS :"+str(lignesoms)+" valeur de données : "+str(donnees), liste_err) | |
362 | ||
363 | ||
364 | ||
365 | # Principe : on cherche dans quel intervalle de "colonnes" on se situe. | |
366 | # On va donc regarder pour chaque donnée entre quels i on se situe,et après | |
367 | # prendre le plus grand intervalle. | |
368 | # Numéros de colonnes d'où on part. Pour la fin c'est forcément longueur-1 | |
369 | if typecourbe == "P": | |
370 | idep=4 | |
371 | else: | |
372 | idep = 1 | |
373 | ||
374 | liste_indices = [] | |
375 | for k in range(len(dates)): | |
376 | i= idep | |
377 | ligne = lignesoms[k] | |
378 | while i<len(ligne) and ligne[i]<donnees[k]: | |
379 | i+=1 | |
380 | debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err) | |
381 | if i>=len(ligne): | |
382 | warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err) | |
383 | return [],[] | |
384 | if i==idep: | |
385 | warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err) | |
386 | return [],[] | |
387 | liste_indices.append(i) | |
388 | imin=min(liste_indices) -1 | |
389 | imax=max(liste_indices) | |
390 | debug("Les données se situent dans les indices : "+str(imin)+", "+str(imax),liste_err) | |
391 | # Maintenant on doit trouver les coeffs : on se situe en coeff * l[imin]+ (1-coeff)*ligne[imax] | |
392 | # Et faire la moyenne de ces coeffs | |
393 | total = 0 | |
394 | for k in range(len(dates)): | |
395 | ligne = lignesoms[k] | |
396 | donnee = donnees[k] | |
397 | total += (donnee - ligne[imax])/(ligne[imin] - ligne[imax]) | |
398 | #print(k) | |
399 | coeff_moyen = total/len(dates) | |
400 | ||
401 | debug("Coeff moyen calculé : "+str(coeff_moyen), liste_err) | |
402 | ||
403 | # On utilisera la même chose pour les nouvelle donnee | |
404 | ||
405 | # extrapolations | |
406 | nouvdates =oms.extraire_colonne(tableauOMS,0) # On sort tout. | |
407 | #print(nouvdates) | |
408 | nouvdonnees = [] | |
409 | for j in nouvdates: | |
410 | ligne2 = tableauOMS[int(j)] | |
411 | nouvdonnees.append(coeff_moyen*ligne2[imin]+ (1-coeff_moyen)*ligne2[imax]) | |
412 | ||
413 | return nouvdates,nouvdonnees | |
414 | ||
415 | ||
416 | def dessine_guides(t, data, couleur, unite, ax, liste_err): | |
417 | """ dessine deux lignes, horizontales et verticales qui vont "vers" la courbe | |
418 | jusqu'aux points (t, data). En pointillés et avec un point dessus.""" | |
419 | debug("Début de dessine_guides"+str(t)+", "+str(data), liste_err) | |
420 | t_conv = u.convertitunite(t,unite,liste_err) | |
421 | ax.vlines(t_conv, 0, data, colors=couleur, linestyles="dashed") | |
422 | ax.hlines(data, 0, t_conv, color=couleur, linestyles="dashed") | |
423 | ax.plot([t_conv], [data], color=couleur, marker="*", ms=13) |