2 # -*- coding: utf-8 -*-
3 from configuration
import CONFIG
4 import gestionOMS
as oms
5 import gestion_unites
as u
6 from gestion_donnees
import calcule_max_graphique
, convertit_jours_vers_python
, convertit_age_vers_texte
7 from gestion_erreurs
import debug
, erreur
, warning
8 from numpy
import arange
9 from calculs_extrapole
import calcule_donnee_extrapolee
, calcule_age_extrapole
11 import matplotlib
.pyplot
as plt
13 # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe, mais on y trouve également les fonctions d'extrapolation.
14 # Ainsi que les calculs additionnels.
17 def cree_figure(conf
,l_jours
,l_poids
,typedonnee
,liste_extracalculs
, liste_err
):
18 """ conf est le dictionnaire de config. l_jours et l_poids les listes des temps (en jours) et de données
19 (donc pas forcément du poids)
20 typedonnee est le type de données (voir CONFIG["liste_typedonnees"]
21 liste_err la liste des erreurs à compléter (voir gestion_erreurs))
22 Renvoie la figure tracée, et les calculs additionnels sont mis sous forme de chaîne dans la liste
24 debug("debut de cree_figure. Config : "+str(conf
),liste_err
)
26 liste_data_labels_p
,liste_data_labels_z
= oms
.renvoie_liste_labels(conf
,CONFIG
["liste_data_choisie_p"],CONFIG
["liste_data_choisie_z"],liste_err
)
28 erreur("bug avec liste data labels",liste_err
)
31 ######################## Gestion des bornes #############################
32 # y a-t-il un maxi saisi par l'utilisateur ?
34 # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ?
35 if conf
["non_sauve"].get("maxi",0) == 0:
36 jour_maxi
= calcule_max_graphique(l_jours
)
38 jour_maxi
= conf
["non_sauve"]["maxi"]+1
40 jour_maxi
= conf
["maxi"]+1
42 # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes
43 jour_maxi
= max(CONFIG
["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi
,CONFIG
["jours_maxi_courbe"]))
44 debug("cree_figure : gestion du jour max : "+str(jour_maxi
),liste_err
)
46 ##################### Gestion des unités ###############################
47 # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur
48 if conf
["unite"] == "" and conf
["non_sauve"].get("unite","") == "":
49 unite
= u
.choix_unite(jour_maxi
)
50 debug("Unité non précisée, on choisit "+unite
,liste_err
)
51 elif conf
["unite"] != "":
54 unite
= conf
["non_sauve"]["unite"]
56 ##################### Gestion de la prématurité #######################"
57 prema
= int(convertit_jours_vers_python(conf
["prematurite"],liste_err
))
58 ## Gestion des prémas, deux cas :
59 # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma
60 # à toutes les données.
61 # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence.
62 debug("Prématurité : "+str(prema
)+" age corrigé : "+conf
["agecorrige"],liste_err
)
63 if prema
>0 and conf
["agecorrige"] == "oui":
64 l_jours
= [j
-prema
for j
in l_jours
]
65 jour_maxi
= jour_maxi
- prema
68 ###################### Conversion des unités ###########################""
69 l_jours_conv
= u
.convertit_tableau(l_jours
,unite
,liste_err
)
70 # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne...
71 age_maxi
= u
.convertitunite(jour_maxi
-1,unite
,liste_err
)
73 debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv
),liste_err
)
75 #####################" Courbes OMS et titre ######################################"
76 titre
= "Courbe de "+typedonnee
+" OMS"
77 if conf
["typecourbe"] == "P":
79 liste_data_labels
= liste_data_labels_p
80 if conf
["sexe"] == "M":
81 fichier_oms
= CONFIG
["fichiersOMS"][typedonnee
]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon
82 titre
+= " (percentiles, garçon)"
83 elif conf
["sexe"] == "F":
84 fichier_oms
= CONFIG
["fichiersOMS"][typedonnee
]["perc_fille"]
85 titre
+= " (percentiles, fille)"
87 fichier_oms
= CONFIG
["fichiersOMS"][typedonnee
]["perc_mixte"]
88 titre
+= " (percentiles)"
89 elif conf
["typecourbe"] == "Z":
90 liste_data_labels
= liste_data_labels_z
91 if conf
["sexe"] == "M":
92 fichier_oms
= CONFIG
["fichiersOMS"][typedonnee
]["z_garcon"]
93 titre
+= " (moyenne et écarts-types, garçon)"
94 elif conf
["sexe"] == "F":
95 fichier_oms
= CONFIG
["fichiersOMS"][typedonnee
]["z_fille"]
96 titre
+= " (moyenne et écarts-types, fille)"
98 fichier_oms
= CONFIG
["fichiersOMS"][typedonnee
]["z_mixte"]
99 titre
+= " (moyenne et écarts-types)"
101 erreur("Type de courbe invalide"+conf
["typecourbe"],liste_err
)
104 # Si y'a un nom on met "courbe de machin"
106 titre
+= " de " +conf
["nom"]
109 titre
+= ", préma de "+conf
["prematurite"]
110 if conf
["agecorrige"] == "oui":
111 titre
+=" (courbe en âge corrigé)"
113 titre
+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)"
115 #debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err)
116 debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms
,liste_err
)
119 #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues
121 t
= oms
.lire_fichier_csv(fichier_oms
)
123 erreur("cree_figure : Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms
, liste_err
)
126 debug("cree_figure : Conversion des données OMS à la bonne unité",liste_err
)
128 coljour
= (oms
.extraire_colonne(t
,0,jour_maxi
))
129 if prema
>0 and conf
["agecorrige"] != "oui":
130 coljour
= [j
+ prema
for j
in coljour
]
131 coljour
= u
.convertit_tableau(coljour
,unite
,liste_err
)
133 erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi
)+" unite = "+unite
,liste_err
)
136 ##################### Création de la figure et du graphique ###################
137 debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err
)
138 #### La figure, params
140 fig
= plt
.figure(num
=None, figsize
=(conf
["largeur"], conf
["hauteur"]), dpi
=100, facecolor
=conf
["couleurs"]["fond"])
141 plt
.rcParams
['axes.facecolor'] = conf
["couleurs"]["fond"]
142 plt
.rcParams
['axes.edgecolor']= conf
["couleurs"]["cadretxt"]
143 plt
.rcParams
['xtick.color'] = conf
["couleurs"]["cadretxt"]
144 plt
.rcParams
['ytick.color'] = conf
["couleurs"]["cadretxt"]
145 plt
.rcParams
['grid.color'] = conf
["couleurs"]["grille"]
146 plt
.rcParams
['legend.edgecolor'] = conf
["couleurs"]["grille"]
149 ###################### Tracé des différentes courbes
150 #Tracé des courbes OMS
151 for (i
,label
,couleur
) in liste_data_labels
:
152 ax
.plot(coljour
,oms
.extraire_colonne(t
,i
,jour_maxi
),label
=label
,color
=couleur
)
154 debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err
)
156 ### Tracé pour de bon
158 ax
.plot(l_jours_conv
,l_poids
,label
=conf
["nom"],color
=conf
["couleurs"]["cadretxt"],marker
='o')
159 debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv
),liste_err
)
161 #### extrapolatios éventuelles
162 # a-t-on demndé des calculs ?
163 jextrapole
= conf
["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui"
164 # Est-ce qu'on a demandé un calcul sur cette donnée ?
166 for calextra
in CONFIG
["extradata"]:
167 jextrapole
= jextrapole
or conf
["non_sauve"][calextra
+"_type"] == typedonnee
172 debug("Il faut extrapoler les courbes !", liste_err
)
173 # Prendre l'ensemble des dates "source"
174 # print(conf["non_sauve"]["nbdataextra"])
175 if conf
["non_sauve"]["nbextradata"] == 0:
176 sources_extrap
= l_jours
177 sources_extrap_data
= l_poids
179 sources_extrap
= l_jours
[-conf
["non_sauve"]["nbextradata"]:] # les derniers jours
180 sources_extrap_data
= l_poids
[-conf
["non_sauve"]["nbextradata"]:]
182 debug("On extrapole sur les jours : "+str(sources_extrap
), liste_err
)
184 dates_extrapole
, donnees_extrapole
= prolongecourbe(t
, sources_extrap
, sources_extrap_data
, conf
["typecourbe"], liste_err
)
185 debug("données extrapolées !", liste_err
)
186 #debug(str(dates_extrapole[0:10])+str(donnees_extrapole[0:10]), liste_err)
188 # QUe veut-on maintenant sur ces données extrapolées ?
190 if conf
["non_sauve"]["prolongercourbes"] == "oui":
191 # On va prendre les extrapolations de la dernière donnée jusqu'à l fin du graphe
192 debut_extr
= int(l_jours
[-conf
["non_sauve"]["nbextradata"]])
193 i_debut_extr
= dates_extrapole
.index(debut_extr
)
194 i_fin_extr
= dates_extrapole
.index(jour_maxi
)
195 # Voilà ce qu'on veut tracer
196 dates_extrapole_trace
= dates_extrapole
[i_debut_extr
:i_fin_extr
+1]
197 donnees_extrapole_trace
= donnees_extrapole
[i_debut_extr
:i_fin_extr
+1]
198 dates_extrapole_trace
= u
.convertit_tableau(dates_extrapole_trace
,unite
,liste_err
)
200 # tracé des données extrapolées
201 plt
.plot(dates_extrapole_trace
, donnees_extrapole_trace
,color
=conf
["couleurs"]["cadretxt"], linestyle
=(0, (5,7)), marker
=None)
202 debug("Tracé de la courbe extrapolée ok", liste_err
)
204 # Calculer une donnée à l'âge x
205 if conf
["non_sauve"]["calculextradata_type"] == typedonnee
:
206 r
= calcule_donnee_extrapolee(dates_extrapole
, donnees_extrapole
, conf
["non_sauve"]["calculextradata_age"], typedonnee
, liste_err
)
208 liste_extracalculs
.append(r
)
209 print(liste_extracalculs
)
211 # Calculer un âge où on atteint cette donnée
212 if conf
["non_sauve"]["calculextratemps_type"] == typedonnee
:
213 r
= calcule_age_extrapole(dates_extrapole
, donnees_extrapole
, conf
["non_sauve"]["calculextratemps_val"], typedonnee
, liste_err
)
215 liste_extracalculs
.append(r
)
216 print(liste_extracalculs
)
219 warning("Des problèmes pour extrapoler...", liste_err
)
222 debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err
)
224 ###################" Gestion de l'échelle #####################
225 debug("Courbes tracées. Il n'y a plus qu'à gérer l'échelle", liste_err
)
228 # On extrait la valeur min et la valeur max des poids des courbes OMS et des données
229 (colonne_min
,_
,_
) = liste_data_labels
[-1]
230 (colonne_max
,_
,_
) = liste_data_labels
[0]
233 poids_min
= min(oms
.extraire_colonne(t
,colonne_min
,jour_maxi
))
234 poids_max
= max(oms
.extraire_colonne(t
,colonne_max
,jour_maxi
))
236 poids_min
= min(min(l_poids
),poids_min
)
237 # Pour le poids max, voir la dernière valeur du tableau
239 while i
<len(l_jours
) and l_jours
[i
]<jour_maxi
:
241 poids_max
= max(max(l_poids
[0:i
+1]),poids_max
)
242 # On ajuste un peu ces min et max
243 # min : valeur min -1kg
244 poids_min
= max(0,poids_min
-1)
246 poids_max
= poids_max
* 1.05
250 if conf
["non_sauve"]["grilleamelio"] == "oui":
251 debug("On a choisi la grille plus jolie", liste_err
)
252 pas
=u
.choix_echelle_data(typedonnee
, poids_max
)
254 minechelle
= int(poids_min
/pas
[0])*pas
[0]
256 debug("pas choisis pour l'échelle en y : "+str(pas
), liste_err
)
257 echellemajeure
= arange(minechelle
, poids_max
, pas
[0])
260 echellemineure
= arange(minechelle
, poids_max
, pas
[1])
264 ax
.set_yticks(echellemajeure
, minor
=False)
265 ax
.set_yticks(echellemineure
, minor
=True)
268 pas
=u
.choix_echelle_temps(unite
, age_maxi
)
269 debug("pas choisis pour l'échelle en x : "+str(pas
), liste_err
)
271 echellemajeure
= arange(0,age_maxi
, pas
[0])
273 echellemineure
= arange(0,age_maxi
, pas
[1])
276 ax
.set_xticks(echellemajeure
, minor
=False)
277 ax
.set_xticks(echellemineure
, minor
=True)
279 ################################# Aspect du graphique
281 debug("On commende la déco du graphique", liste_err
)
284 ax
.grid(conf
["grille"]=="oui")
285 ax
.grid(conf
["grille"] == "oui", which
="minor", linestyle
="--")
288 plt
.xlabel("Âge en "+unite
,color
=conf
["couleurs"]["cadretxt"])
289 plt
.ylabel(typedonnee
.capitalize()+" en "+CONFIG
["unites_typedonnees"][typedonnee
],color
=conf
["couleurs"]["cadretxt"])
290 plt
.title(titre
,color
=conf
["couleurs"]["cadretxt"])
291 if l_jours_conv
== []:
292 plt
.axis([0,age_maxi
, poids_min
, poids_max
])
294 plt
.axis([min(0,l_jours_conv
[0]),age_maxi
,poids_min
,poids_max
])
297 if conf
['legende']=="oui":
298 legende
= plt
.legend(loc
=conf
['positionlegende'])
299 plt
.setp(legende
.get_texts(), color
=conf
["couleurs"]["cadretxt"])
304 debug("Fin de cree_figure, tout va bien.", liste_err
)
310 ######################################## Pour extrapoler la courbe
312 def prolongecourbe(tableauOMS
, dates
, donnees
, typecourbe
, liste_err
):
313 """ tableauOMS est le ableau des données OMS. dates et donnees sont les dates (jours)
314 et les données d'où on extrapole. On calcule toutes les dates comme des sauvages.
315 On renvoie la liste des jours totale et la liste des data_totales
317 typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z
319 On renvoie [],[] si pas pu extrapoler. """
320 # les lignes OMS correspondant aux dates données
321 lignesoms
= [tableauOMS
[int(date
)] for date
in dates
]
322 debug("prolongecourbe : Lignes OMS :"+str(lignesoms
)+" valeur de données : "+str(donnees
), liste_err
)
326 # Principe : on cherche dans quel intervalle de "colonnes" on se situe.
327 # On va donc regarder pour chaque donnée entre quels i on se situe,et après
328 # prendre le plus grand intervalle.
329 # Numéros de colonnes d'où on part. Pour la fin c'est forcément longueur-1
330 if typecourbe
== "P":
336 for k
in range(len(dates
)):
339 while i
<len(ligne
) and ligne
[i
]<donnees
[k
]:
341 debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i
),liste_err
)
343 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop haute !", liste_err
)
346 warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée trop basse !", liste_err
)
348 liste_indices
.append(i
)
349 imin
=min(liste_indices
) -1
350 imax
=max(liste_indices
)
351 debug("Les données se situent dans les indices : "+str(imin
)+", "+str(imax
),liste_err
)
352 # Maintenant on doit trouver les coeffs : on se situe en coeff * l[imin]+ (1-coeff)*ligne[imax]
353 # Et faire la moyenne de ces coeffs
355 for k
in range(len(dates
)):
358 total
+= (donnee
- ligne
[imax
])/(ligne
[imin
] - ligne
[imax
])
360 coeff_moyen
= total
/len(dates
)
362 debug("Coeff moyen calculé : "+str(coeff_moyen
), liste_err
)
364 # On utilisera la même chose pour les nouvelle donnee
367 nouvdates
=oms
.extraire_colonne(tableauOMS
,0) # On sort tout.
371 ligne2
= tableauOMS
[int(j
)]
372 nouvdonnees
.append(coeff_moyen
*ligne2
[imin
]+ (1-coeff_moyen
)*ligne2
[imax
])
374 return nouvdates
,nouvdonnees