]>
Commit | Line | Data |
---|---|---|
5679dfd0 DL |
1 | #!/usr/bin/env python3 |
2 | # -*- coding: utf-8 -*- | |
d03279e7 | 3 | from configuration import CONFIG |
5679dfd0 DL |
4 | from gestionOMS import * |
5 | from gestion_unites import * | |
b5ac625b | 6 | from gestion_donnees import calcule_max_graphique, convertit_jours_vers_python |
fd69b6b5 | 7 | |
5679dfd0 DL |
8 | import matplotlib.pyplot as plt |
9 | ||
d03279e7 DL |
10 | # Essentiellement, la fonction qui trace la courbe |
11 | ||
12 | ||
8b5845ff | 13 | def cree_figure(conf,l_jours,l_poids,typedonnee,liste_err): |
248d9504 | 14 | debug("debut de cree_figure",liste_err) |
fd69b6b5 | 15 | try: |
d03279e7 | 16 | liste_data_labels_p,liste_data_labels_z = renvoie_liste_labels(conf,CONFIG["liste_data_choisie_p"],CONFIG["liste_data_choisie_z"],liste_err) |
fd69b6b5 DL |
17 | except: |
18 | erreur("bug avec liste data labels",liste_err) | |
19 | return "" | |
20 | ||
8b5845ff | 21 | # maxi saisi par l'utilisateur ? |
fd69b6b5 | 22 | if conf["maxi"] ==0: |
8b5845ff DL |
23 | # Est-ce qu'on a donné un maxi quand même (car même échelle) ? |
24 | print(conf) | |
25 | print(conf["non_sauve"]) | |
26 | if conf["non_sauve"].get("maxi",0) == 0: | |
8b5845ff | 27 | jour_maxi = calcule_max_graphique(l_jours) |
5679dfd0 | 28 | else: |
8b5845ff | 29 | jour_maxi = conf["non_sauve"]["maxi"]+1 |
5679dfd0 DL |
30 | else: |
31 | jour_maxi = conf["maxi"]+1 | |
248d9504 DL |
32 | |
33 | ||
9e4c51c7 | 34 | # On s'assure que c'est bien compris dans les bornes |
9e4c51c7 | 35 | jour_maxi = max(CONFIG["jours_mini_courbe"],min(jour_maxi,CONFIG["jours_maxi_courbe"])) |
248d9504 | 36 | debug("cree_figure : gestion du jour max ok : "+str(jour_maxi),liste_err) |
5679dfd0 | 37 | |
8b5845ff DL |
38 | # si l'unité n'est pas précisée, ni en "non sauvé" ni par l'utilisateur |
39 | if conf["unite"] == "" and conf["non_sauve"].get("unite","") == "": | |
40 | unite = choix_unite(jour_maxi) | |
41 | debug("Unité non précisée, on choisit "+unite,liste_err) | |
42 | elif conf["unite"] != "": | |
43 | unite = conf["unite"] | |
44 | else: | |
45 | unite = conf["non_sauve"]["unite"] | |
46 | ||
b5ac625b DL |
47 | #debug("prématurité dans la config : "+conf["prematurite"],liste_err) |
48 | prema = int(convertit_jours_vers_python(conf["prematurite"],liste_err)) | |
49 | ## Gestion des prémas, deux cas : | |
50 | # Si agecorrige est oui, alors on veut juste soustraire la valeur de préma | |
51 | # à toutes les données. | |
52 | # Si agecorrige est non, alors on veut ajouter la valeur de préma aux courbes de référence. | |
53 | ||
c2fe511b | 54 | debug("Prématurité : "+str(prema)+" age corrigé : "+conf["agecorrige"],liste_err) |
b5ac625b DL |
55 | |
56 | if prema>0 and conf["agecorrige"] == "oui": | |
57 | l_jours = [j-prema for j in l_jours] | |
58 | jour_maxi = jour_maxi - prema | |
59 | # debug("liste des jours : "+str(l_jours),liste_err) | |
c2fe511b | 60 | |
8b5845ff | 61 | l_jours_conv = convertit_tableau(l_jours,unite,liste_err) |
5679dfd0 | 62 | # Attention, comme les jours commencent à partir de 0, faut enlever 1 pour avoir la borne... |
8b5845ff | 63 | age_maxi = convertitunite(jour_maxi-1,unite,liste_err) |
5679dfd0 | 64 | |
b5ac625b | 65 | debug("cree_figure : conversion des unités ok : "+str(l_jours_conv),liste_err) |
fd69b6b5 | 66 | |
8b5845ff | 67 | titre = "Courbe de "+typedonnee+" OMS" |
5679dfd0 DL |
68 | |
69 | if conf["typecourbe"] == "P": | |
70 | # percentiles | |
71 | liste_data_labels = liste_data_labels_p | |
72 | if conf["sexe"] == "M": | |
8b5845ff | 73 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_garcon"]#f_poids_perc_garcon |
5679dfd0 | 74 | titre += " (percentiles, garçon)" |
a46e1269 | 75 | elif conf["sexe"] == "F": |
8b5845ff | 76 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_fille"] |
5679dfd0 | 77 | titre += " (percentiles, fille)" |
a46e1269 | 78 | else: |
8b5845ff | 79 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["perc_mixte"] |
a46e1269 | 80 | titre += " (percentiles)" |
5679dfd0 DL |
81 | elif conf["typecourbe"] == "Z": |
82 | liste_data_labels = liste_data_labels_z | |
d03279e7 | 83 | if conf["sexe"] == "M": |
8b5845ff | 84 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_garcon"] |
5679dfd0 | 85 | titre += " (moyenne et écarts-types, garçon)" |
a46e1269 | 86 | elif conf["sexe"] == "F": |
8b5845ff | 87 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_fille"] |
5679dfd0 | 88 | titre += " (moyenne et écarts-types, fille)" |
a46e1269 | 89 | else: |
8b5845ff | 90 | fichier_oms = CONFIG["fichiersOMS"][typedonnee]["z_mixte"] |
a46e1269 | 91 | titre += " (moyenne et écarts-types)" |
fd69b6b5 | 92 | else: |
248d9504 DL |
93 | erreur("Type de courbe invalide"+conf["typecourbe"],liste_err) |
94 | return "" | |
248d9504 | 95 | |
5679dfd0 DL |
96 | # Si y'a un nom on met "courbe de machin" |
97 | if conf["nom"] !="": | |
98 | titre += " de " +conf["nom"] | |
b5ac625b DL |
99 | |
100 | ||
101 | if prema>0: | |
102 | titre+= ", préma de "+conf["prematurite"] | |
103 | if conf["agecorrige"] == "oui": | |
104 | titre+=" (courbe en âge corrigé)" | |
105 | else: | |
106 | titre+=" (courbe en âge réel, données OMS décalées)" | |
107 | ||
108 | debug("cree_figure : géré le type de courbe ok. Liste des data labels : "+str(liste_data_labels),liste_err) | |
109 | debug("Fichier d'où extraire les données : "+fichier_oms,liste_err) | |
110 | ||
5679dfd0 DL |
111 | |
112 | ||
113 | # convertir les unités | |
c2fe511b | 114 | #### Partie code OMS |
5679dfd0 | 115 | #### On extrait les données des courbes, et on convertit les jours dans l'unité voulues |
a46e1269 DL |
116 | try: |
117 | t = lire_fichier_csv(fichier_oms) | |
118 | except: | |
119 | liste_err[0].append("Impossible d'ouvrir le fichier "+fichier_oms) | |
248d9504 | 120 | return "" |
5679dfd0 | 121 | |
248d9504 | 122 | debug("cree_figure : on va convertir données OMS à la bonne unité",liste_err) |
b5ac625b DL |
123 | try: |
124 | coljour= (extraire_colonne(t,0,jour_maxi)) | |
125 | if prema>0 and conf["agecorrige"] != "oui": | |
126 | coljour = [j + prema for j in coljour] | |
127 | coljour = convertit_tableau(coljour,unite,liste_err) | |
248d9504 DL |
128 | except: |
129 | erreur("Problème à la conversion du tableau OMS. jour_maxi = "+str(jour_maxi)+" unite = "+unite,liste_err) | |
130 | return "" | |
131 | ||
132 | debug("cree_figure : prête à créer la figure",liste_err) | |
b5ac625b DL |
133 | #### La figure, params |
134 | ||
915e90bb DL |
135 | fig = plt.figure(num=None, figsize=(conf["largeur"], conf["hauteur"]), dpi=100, facecolor=conf["couleurs"]["fond"]) |
136 | plt.rcParams['axes.facecolor'] = conf["couleurs"]["fond"] | |
137 | plt.rcParams['axes.edgecolor']= conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
138 | plt.rcParams['xtick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
139 | plt.rcParams['ytick.color'] = conf["couleurs"]["cadretxt"] | |
140 | plt.rcParams['grid.color'] = conf["couleurs"]["grille"] | |
141 | plt.rcParams['legend.edgecolor'] = conf["couleurs"]["grille"] | |
fd69b6b5 | 142 | |
c2fe511b | 143 | #Tracé des courbes OMS |
5679dfd0 DL |
144 | for (i,label,couleur) in liste_data_labels: |
145 | plt.plot(coljour,extraire_colonne(t,i,jour_maxi),label=label,color=couleur) | |
fd69b6b5 DL |
146 | #warning("colonne"+str(i)+str(label)+str(couleur),liste_err) |
147 | ||
248d9504 | 148 | debug("cree_figure : tracé des courbes OMS ok",liste_err) |
5679dfd0 | 149 | |
c2fe511b DL |
150 | |
151 | ##### Tracé des courbes OMS fini | |
152 | ||
5679dfd0 | 153 | # On extrait la valeur min et la valeur max des poids |
fd69b6b5 DL |
154 | (colonne_min,_,_) = liste_data_labels[-1] |
155 | (colonne_max,_,_) = liste_data_labels[0] | |
5679dfd0 | 156 | |
d03279e7 DL |
157 | debug("cree_figure : colonnes min et max : "+str(colonne_min)+" "+str(colonne_max),liste_err) |
158 | ||
5679dfd0 DL |
159 | poids_min = min(extraire_colonne(t,colonne_min,jour_maxi)) |
160 | poids_max = max(extraire_colonne(t,colonne_max,jour_maxi)) | |
161 | if l_jours != []: | |
162 | poids_min = min(min(l_poids),poids_min) | |
163 | poids_max = max(max(l_poids),poids_max) | |
164 | # On ajuste un peu ces min et max | |
165 | # min : valeur min -1kg | |
166 | poids_min = max(0,poids_min-1) | |
167 | #max : +5% | |
168 | poids_max = poids_max * 1.05 | |
c2fe511b | 169 | |
5679dfd0 | 170 | |
248d9504 | 171 | debug("cree_figure : prête à tracer la courbe de l'enfant",liste_err) |
b5ac625b | 172 | |
b5ac625b | 173 | ### Tracé pour de bon |
5679dfd0 | 174 | if l_jours != []: |
248d9504 | 175 | plt.plot(l_jours_conv,l_poids,label=conf["nom"],color=conf["couleurs"]["cadretxt"],marker='o') |
b5ac625b | 176 | debug("Tracé de la courbe enfant, avec les jours "+str(l_jours_conv),liste_err) |
c2fe511b DL |
177 | |
178 | #### extrapolatios éventuelles | |
179 | #print("prolongercourbes" in conf) | |
180 | if conf["prolongercourbes"] == "oui": | |
181 | #print("coucou") | |
182 | # les dates, on prend tous les jours tant qu'à faire | |
183 | date_fin = int(l_jours[-1]) | |
184 | dates_extrapole = list(range(date_fin, jour_maxi)) | |
185 | donnees_extrapole = prolongecourbe(t, date_fin, l_poids[-1], dates_extrapole, conf["typecourbe"], liste_err) | |
186 | #print("données extrapolées !") | |
187 | dates_extrapole = convertit_tableau(dates_extrapole,unite,liste_err) | |
188 | ||
189 | # tracé des données extrapolées | |
190 | plt.plot(dates_extrapole, donnees_extrapole,color=conf["couleurs"]["cadretxt"], linestyle=(0, (5,7)), marker=None) | |
191 | ||
192 | else: | |
193 | debug("On ne trace pas de courbe enfant", liste_err) | |
194 | ||
8b5845ff DL |
195 | plt.xlabel("Âge en "+unite,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) |
196 | plt.ylabel(typedonnee.capitalize()+" en "+CONFIG["unites_typedonnees"][typedonnee],color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) | |
c2fe511b | 197 | #print("bla") |
915e90bb | 198 | plt.title(titre,color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) |
c2fe511b DL |
199 | #print("ble") |
200 | if l_jours_conv == []: | |
201 | plt.axis([0,age_maxi, poids_min, poids_max]) | |
202 | else: | |
203 | plt.axis([min(0,l_jours_conv[0]),age_maxi,poids_min,poids_max]) | |
204 | #print("bli") | |
205 | ||
5679dfd0 DL |
206 | |
207 | if conf['legende']=="oui": | |
fd69b6b5 | 208 | legende = plt.legend(loc=conf['positionlegende']) |
915e90bb | 209 | plt.setp(legende.get_texts(), color=conf["couleurs"]["cadretxt"]) |
5679dfd0 DL |
210 | plt.grid(conf["grille"]=="oui") |
211 | ||
212 | fig.tight_layout() | |
fd69b6b5 | 213 | |
c2fe511b DL |
214 | debug("Fin de cree_figure", liste_err) |
215 | return fig | |
216 | ||
217 | ||
218 | ||
219 | def prolongecourbe(tableauOMS, date, donnee, nouvdates, typecourbe, liste_err): | |
220 | """ tableauOMS est le ableau des données OMS. date et donnee sont la date (jours) | |
221 | et la dernière donnée d'où on extrapole. On veut les extrapolations à nouvdate | |
222 | (tableaux de jours) | |
223 | typecourbe est P ou Z. Pour P il faut commencer à regarder à l'indice 4, pour Z | |
224 | à l'indice 1 | |
225 | On renvoie [] si pas pu extrapoler. """ | |
226 | ||
227 | # la ligne OMS | |
228 | ligneoms = tableauOMS[date] | |
229 | debug("prolongecourbe : Ligne OMS :"+str(ligneoms)+" valeur de donnée : "+str(donnee), liste_err) | |
230 | ||
231 | ||
232 | # On cherche dans quel intervalle on se situe | |
233 | if typecourbe == "P": | |
234 | idep=4 | |
235 | else: | |
236 | idep = 1 | |
237 | i = idep | |
238 | while i<len(ligneoms) and ligneoms[i]<donnee: | |
239 | i+=1 | |
240 | debug("prolongecourbe : on a trouvé la valeur de i : "+str(i),liste_err) | |
241 | if i>=len(ligneoms): | |
242 | warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée au dessus !", liste_err) | |
243 | return [] | |
244 | if i==idep: | |
245 | warning("prolongation de courbe : pas réussi... donnée en dessous !", liste_err) | |
246 | return [] | |
247 | ||
248 | # Le coeff : donnee = coeff * l[i-1]+ (1-coeff)*ligne[i] | |
249 | # On utilisera la même chose pour la nouvelle donnee | |
250 | #print(ligneoms[i], ligneoms[i-1]) | |
251 | coeff = (donnee - ligneoms[i])/(ligneoms[i-1] - ligneoms[i]) | |
252 | #print("coeff : "+str(coeff)) | |
253 | ||
254 | # extrapolations | |
255 | nouvdonnees = [] | |
256 | for j in nouvdates: | |
257 | ligne2 = tableauOMS[j] | |
258 | nouvdonnees.append(coeff*ligne2[i-1]+ (1-coeff)*ligne2[i]) | |
259 | ||
260 | return nouvdonnees |